Екатерина Семеновна с детьми поселилась в доме Глазунова на Большой Мещанской (позднее Казанской) улице, вблизи от Невского проспекта. Михаил пишет, что мать стоически перенесла перемену в своей судьбе и в дальнейшем не делилась ни с кем своим горем и неприятностями. «Рано овдовев, — вспоминает он, — на нее пала трудная задача воспитания в тот критический момент, когда переоценивались все ценности и потому надо было иметь большую нравственную силу, чтобы сохранить свое влияние на детей. <…> Отличительной чертой в ее способе воспитания было то, что она предоставляла полную свободу своим детям, таким образом не чувствовалось никакого гнета, вследствие чего у нас у всех образовались цельные характеры. В нашей семье не было квасного патриотизма, мы были воспитаны в уважении всех национальностей, в уважении личности»[36]. Н.И. Миклуха хотел дать своим детям хорошее образование. В последние годы жизни он приглашал домашних учителей для обучения старших сыновей Сережи и Коли общеобразовательным предметам, а гувернантка учила их и Олю немецкому и французскому языкам. Рисунок преподавал художник Ваулин. Поэтому Коля, который унаследовал многие черты богатой творческой натуры отца, уже в детские годы смог развить свои способности к рисованию.
После смерти главы семьи дальнейшее домашнее образование детей стало непозволительной роскошью. В 1858 году старших сыновей отдали в училище с программой гимназии при лютеранской церкви Святой Анны (Анненшуле). Коля, как и Сережа, посещал третий класс и, по его собственным словам, «хорошо занимался, но очень шалил»[37]. Братьям не нравилось, что преподавание велось на немецком языке, да и плата за обучение, по мнению Екатерины Семеновны, была чрезмерно высокой.
Е.С. Миклуха решила отдать сыновей в казенную гимназию, где плата за обучение была значительно ниже. К заявлению о приеме следовало приложить несколько справок, в том числе документ о сословной принадлежности. Вдова обратилась в Черниговское дворянское депутатское собрание с просьбой прислать соответствующую выписку из родословной книги местного дворянства. Но в эту книгу, как уже упоминалось, не был внесен род Миклух, а потому она нужной выписки не получила. Тогда, по совету сведущих людей, Екатерина Семеновна подала в Петербургское дворянское депутатское собрание прошение о внесении ее и детей в родословную книгу дворянства Петербургской губернии. «Покойный мой муж капитан Николай Миклуха, — писала она, — состоял на службе в Корпусе инженеров путей сообщения в чине <…> капитана с 1843 года, приобрел право на потомственное дворянство, которое по сим существующим узаконениям сообщается мне и законным детям нашим»
