И вот наступил июнь 1941 года. Снова репрессии против военных. Теперь очередными «заговорщиками» объявлялись уцелевшие после массового уничтожения высших командных кадров Красной армии видные военачальники. Новыми «врагами народа» оказались: Ванников, Мерецков, Смушкевич, Штерн, Локтионов, Рычагов, Савченко, Склизков, Арженухин, Сакриер, Проскуров и другие.
Причем заместитель начальника Главного артиллерийского управления НКО СССР Г.К. Савченко, начальник отдела этого управления С.О. Склизков, начальник Военно-воздушной академии, генерал-лейтенант Ф.К. Арженухин, заместитель начальника управления вооружений Главного управления ВВС И.Ф. Сакриер, Герой Советского Союза, генерал-майор авиации И.И. Проскуров были «влиты» в «антисоветскую военную организацию» спустя некоторое время после начала войны.
В первые дни войны в связи с катастрофическим разгромом и отступлением Красной армии под ударами фашистских войск были также арестованы командующий Западным фронтом генерал армии Д.Г. Павлов, его генералы В.Е. Климовских, А.Т. Григорьев и А.А. Коробков.
Государственный Комитет Обороны СССР 16 июля 1941 года по этому поводу принял специальное постановление:
«№ ГОКО-169сс, 16 июля 1941 г. Сов. секретно. Москва, Кремль.
Государственный Комитет Обороны устанавливает, что части Красной армии в боях с германскими захватчиками в большинстве случаев высоко держат великое знамя Советской власти и ведут себя удовлетворительно, а иногда прямо геройски, отстаивая родную землю от фашистских грабителей. Однако наряду с этим Государственный Комитет Обороны должен признать, что отдельные командиры и рядовые бойцы проявляют неустойчивость, паникерство, позорную трусость, бросают оружие и, забывая свой долг перед Родиной, грубо нарушают присягу, превращаются в стадо баранов, в панике бегущих перед обнаглевшим противником.
Воздавая честь и славу отважным бойцам и командирам, Государственный Комитет Обороны считает вместе с тем необходимым, чтобы были приняты строжайшие меры против трусов, паникеров, дезертиров. Паникер, трус, дезертир хуже врага, ибо он не только подрывает наше дело, но и порочит честь Красной армии. Поэтому расправа с паникерами, трусами и дезертирами и восстановление воинской дисциплины является нашим священным долгом, если мы хотим сохранить незапятнанным великое звание воина Красной армии.
Исходя из этого, Государственный Комитет Обороны, по представлению Главнокомандующих и Командующих фронтами и армиями, арестовал и предал суду Военного трибунала за позорящую звание командира трусость, бездействие власти, отсутствие распорядительности, развал управления войсками, сдачу оружия противнику без боя и самовольное оставление боевых позиций:
