После своего ареста в 1953 году Берия признал, что действительно «в отношении Мерецкова, Ванникова и других применялись беспощадные избиения»: «Это была настоящая мясорубка, и таким путем вымогались клеветнические показания. Нарком госбезопасности СССР Меркулов играл главную роль, и у меня нет сомнений, что он лично применял пытки… Mjie вспоминается, что, говоря со мной о деле Мерецкова, Ванникова и других, Меркулов преподносил это с позиций достижений, что он раскрыл подпольное правительство, организованное чуть ли не Гитлером».
Следствие торопилось завершить дело с «изменниками», и поэтому на арестованных оказывалось такое жесткое физическое воздействие. Зверски избитые жертвы «признали» в конце концов (кроме Локтионова) то, чего от них добивались. Оставалось уточнить некоторые детали и оформить материалы в суд.
18 августа заместитель наркома внутренних дел СССР комиссар госбезопасности 3-го ранга Б.3. Кобулов утвердил постановление о продлении срока следствия по делу Мерецкова до 23 сентября 1941 года. В постановлении отмечалось, что по обвинению в принадлежности к антисоветской военно-заговорщической организации и сотрудничестве с германской разведкой Мерецков «виновным себя признал» и «изобличается» показаниями ряда заговорщиков, в связи с чем необходимо продолжить с ним следственные действия для выявления его «антисоветско-шпионских» связей. Кирилла Афанасьевича ожидало продолжение достаточно пристрастных (судя по уже сделанному им «признанию») «следственных» действий и неминуемый расстрельный приговор.
До того как Мерецков попал на Лубянку, были арестованы: 7 июня — нарком вооружения Б.Л. Ванников, командующий ПВО РККА генерал-полковник Г.М. Штерн; 8 июня — помощник начальника Генштаба по авиации генерал-лейтенант Я.В. Смушкевич; 19 июня — командующий Прибалтийским Особым военным округом генерал-полковник А.Д. Локтионов. Подверглись арестам и другие военные руководители различных рангов. Большинство — известные в стране военачальники.
Например, Борис Львович Ванников, талантливый военный инженер, возглавлявший с 1939 года Народный комиссариат оборонной промышленности страны, затем вооружения СССР. С назначением Ванникова на эту должность в короткое время был создан и принят на вооружение целый ряд новых первоклассных образцов оружия и боевой техники. В будущем генерал-полковник инженерно-технической службы Ванников станет трижды Героем Социалистического Труда, лауреатом Сталинских премий.
