Однако ариане не могли примириться с возвращением Афанасия и стали употреблять все усилия для окончательного его низложения. Им удалось наконец собрать против него в Антиохии собор, на котором ариане осудили и низложили его, а в Александрию послали нового епископа, арианина Григория. Александрийская церковь с негодованием отвергла его, ссылаясь на свое древнее право избрания, которое было нарушено лживым собором. Тогда решено было водворить Григория силой. В самые дни Великого поста Григорий явился в Александрии. Видя, что православные готовы стоять за своего епископа до последней крайности, эпарх Египта, взяв себе на помощь язычников и иудеев, силой ввел Григория в церковь, изгоняя из нее православных, подвергая оскорблениям иноков и дев, посвященных Господу. Одна церковь была совершенно разграблена, а затем начались пытки и истязания православных. Афанасий, убедясь, что его присутствие в Александрии только более раздражает врагов и подвергает опасности приверженцев его, решился тайно оставить город.
На Востоке Церковью завладели ариане: он решился искать опоры на Западе, где арианство было бессильно, и отправился в Рим. В Риме папа Юлий созвал собор, торжественно восстановивший Афанасия.
Тогда император Констанс явился заступником его и настоятельно потребовал от брата, чтобы он возвратил Афанасия из ссылки, грозя в случае отказа силой оружия восстановить пастыря, желаемого всей паствой. Между тем умер и лжеепископ Григорий. Тогда только Афанасий отправился в Александрию. Возвращение его было настоящим торжеством: народ с радостными восклицаниями толпился вокруг мужественного страдальца, скитавшегося в изгнании более семи лет; паства ликовала. В Антиохии Афанасий виделся с императором, и благосклонность, оказанная ему Констанцией, устрашила на время врагов его. Из страха перед Констансом даже вожди арианства отреклись от прежних своих действий и письменно осуждали то учение, за которое прежде стояли.
Но это торжество Афанасия было непродолжительно. В 350 году покровитель православия Констанс погиб в войне с Магнецием, который завладел всей его областью. Вскоре затем Констанций, одолев и Магнеция, стал единодержавным государем всей империи. Констанций ненавидел Афанасия тем более, что так долго из страха должен был скрывать свои чувства и оказывать ему притворную благосклонность. Как только он достиг полной власти, то созван был в 355 году собор в Милане уже не для рассмотрения обвинений на Афанасия, а прямо для осуждения его; западным епископам повелено было принять осуждение, произнесенное восточными, а не соглашавшихся всех сослали в заточение.
