Церковь как корпус верующих («тело Христа») обладает, по мнению Буцера, властью наставлять и отлучать недостойных, но не является, как утверждают католики, местом Его постоянного воплощения. Для Цвингли, Буцера и Кальвина христиане — солдаты церковной армии, и ее капитан — Христос. Коллектив верующих вдохновляется Богом посредством Слова и таинств, и если там царят взаимное милосердие и дисциплина, то он уже в миру сплочен невидимым пока Христом. Мобилизуя библейские источники, Буцер доказывал, что церковные служители являются видимыми инструментами Господа. Отсюда и вывод, что местная видимая церковь, действующая по божественным предписаниям и согласно Библии, выполняет божественную миссию. Она приводит к Христу заблудших и «сектантов», помогает падшим, воодушевляет равнодушных, отсекает безнадежно испорченные члены, постоянно храня моральную чистоту христианской общины.
Таким образом, установка Лютера на силу божественного Слова была существенно дополнена у Буцера установкой на силу местного религиозного коллектива, и это сочетание многое определило в кальвинизме, который формировался из пополнения учения Лютера богословскими идеями Цвингли и Буцера.
Для Кальвина тема видимой церкви — наиважнейшая. Выдвинутые Мартином Буцером идеи он точно изложил в «Наставлении», подкрепил дополнительными обоснованиями из отцов церкви и Библии, связал с широким спектром конкретных проблем церковного строительства. Более решительно, чем предшественники, Кальвин настаивал на судебной власти церкви в сфере морали. Дисциплину, которую регламентирует церковь, он считал столь же необходимой для общества, как и государственную полицию, даже если речь идет о христианском государстве: меч государства принуждает и наказывает, а Слово с церковной кафедры заставляет грешника исправиться. В связи с этим подчеркивается важность общественного престижа Консистории, судебного органа церкви. Из Женевской республики благодаря деятельности Консистории были изгнаны инакомыслящие и привлечены единомышленники. Свидетельством связи церкви Женевы с вечной невидимой Церковью был для Кальвина приток в город иммигрантов, покидавших родину по религиозным мотивам. Они устремлялись в «школу Иисуса Христа», которую не покидают христиане, оставаясь учениками на протяжении всей жизни.
Кальвин учил, что истинная вера — это не удел изолированных личностей, ее невозможно обрести вне лона церкви, и подчеркивал сакральное значение деятельности местных религиозных общин. Понятие святости церкви как местного коллектива, сплоченного духовными и материальными обязанностями во имя поддержания христианской моральной дисциплины, составило идейную силу кальвинизма. Кальвинисты впоследствии не вносили особых дополнений в учение Кальвина о церкви, в отличие от его теологической системы, а также политических и социальных установок, которые подвергались непрерывной ревизии.
