Развитие событий Реформации требовало ревизии догматики. В соответствии с заключенным в ходе войн с императором перемирием (1548) саксонским протестантам были предписаны литургия и организация, приближающиеся к католическим на том основании, что церковные обряды и структуры относятся к «нейтральным вещам» (лат. adiaphora, греч. йбшрора). Эту позицию редакторов перемирия, в числе которых был и Агрикола, подразумевавшую, что религию можно разделить на ценностные уровни, поддержали Филипп Меланхтон и его ученики. От имени «подлинных лютеран» (gnesiolutheranes) с критикой «филиппистов» выступил Матиас Флациус (1520–1575). Он считал, что в период преследований со стороны врагов Евангелия не следует им уступать даже в тех вещах, которые в Писании не являются ни обязательными, ни запретными, т. е. сами по себе нейтральны. Он провозгласил: «Nihil est adiaphoron in casu confessionis et scandali» («Не бывает нейтральных вещей, когда речь идет о конфессии и соблазне»), и спор профессоров виттенбергского университета привел к формированию в Саксонии двух школ — филиппистской с центром в Виттенберге и гнесиолютеранской с центром в университете Иены.
Следующим источником разногласий в теологии лютеран было выступление в печати пастора и профессора Андреа Осиандера (1498–1552) в Кенигсберге с трудом «De Justificatione» против положения Лютера о спасении верой. Он не признавал, что источником оправдания являются события Страстей, происходившие пятнадцать веков назад, и полагал, что главное — мистическое перемещение Христа в сердце человека благодаря вере. Оправдание он рассматривал как наделение человека праведностью и святостью в действительности, что не соответствовало догмату Лютера о греховности человека. Иде и Осиандера опирались на отвергнутые большинством реформаторов представления о возможности внесения в душу человека свойств извне; их энергично критиковали как филипписты во главе с Меланхтоном, так и гнесиолютеране. Высказанное Меланхтоном положение о том, что перемещение Христа в душу верующего является следствием, а не источником оправдания, дало импульс обновлению теологических споров, которые разрешились впоследствии в пользу партии филиппистов.
Ученик Меланхтона Георг Майор (1502–1574), профессор Виттенбергского университета, поднял проблему добрых дел, которые, по его мнению, необходимы для спасения, хотя люди могут быть оправданы и без них. Восстанавливая в протестантской теологии понятие заслуг, характерное для католической доктрины, он, вопреки Лютеру, полагал оправдание зависимым от последующего обретения верующим святости. Защищая наследие Лютера, его верные сподвижники
