Опорой лютеранской церкви стали князья, которые, согласно христианской традиции, поставлены Богом защищать веру подданных и сами считаются первыми среди членов церкви. В немецких землях постепенно утвердилось представление о том, что епископское право переходит к князьям. Курфюрст Саксонский по просьбе Лютера создал при своей особе комиссию из двух светских и двух духовных лиц, которая следила за делами в церковных приходах. Затем возникли консистории, которые обладали правом отлучать от церкви и вместе с пасторами были призваны проводить в жизнь задачу воспитания верующих проповедью Слова Божьего, распространяя лютеранское вероучение. Консисториальное управление было узаконено как принцип церковной администрации, в систему которой вошли ряд должностей и выборных коллегий. Упразднив таинство священства, а с ним и понятие о священническом сане, лютеранская церковь сохранила епископат.
Поскольку в деле спасения все зависело от веры, идеальная церковь трактовалась Лютером как невидимое сообщество оправданных и возрожденных людей. Если в земной жизни в состав видимой церкви входят дурные люди, то они оказываются за пределами идеальной невидимой церкви. В построении видимой церкви реформатор возлагал надежды на влияние проповеди Евангелия. Убедившись в необходимости постоянно следить за состоянием дел в общинах и приходах, поддерживать религиозные навыки народа, контролировать знание катехизиса и т. д., Лютер начал с главного. Он составил положения об избрании и утверждении в должности служителей церкви, определил время общественного богослужения, литургические и обрядовые формулы, составил книгу богослужебных песнопений.
Гимн «Ein feste Burg ist unser Gott» («Господь — надежный наш оплот») Лютер сочинил и положил на музыку, используя темы свободного толкования псалма 46. Эта песня, как говорили католики, вдохновляла верующих на отказ от веры отцов больше, чем проповеди и воззвания реформатора.
Лютеранский храм сохранял вид упрощенного католического, с алтарем, изображениями евангельских событий, органом, кафедрой проповедника и т. д. Лютеранская литургия включила общее покаяние присутствующих, чтение Писания и Символа веры, причащение. Признавая два таинства — крещения и причащения, — лютеранская церковь настаивала на специфической трактовке евхаристии. В этом пункте сосредоточились расхождения с другими протестантскими церквами, а со временем они стали еще больше.
