За этим политическим кредо в первоначальном варианте следовали главы, повторявшие лютеровский катехизис и оспаривавшие католическую трактовку таинств вместе с монашеством. За основу книги было взято четырехчастное деление Символа веры, она последовательно излагает темы о познании Бога-творца, об искупительном подвиге Христа, о действиях Святого Духа в человеке и о церкви. Порядок изложения основ вероучения в «Наставлении» предусматривает и порядок их усвоения читателями.
Первая метафизическая тема о познании Бога в откровении является отправной для дальнейших размышлений о высших истинах. Здесь утверждаются представления о Боге-Творце, вечном, всемогущем, непознаваемом, дарующем человеку без заслуг милость или возмездие. Отвергаются рациональные доказательства бытия Божия, принятые у католиков, и критикуются главные философские системы, включая эпикурейство. Излагая вероучение, Кальвин подтверждает свои положения не только библейскими текстами, но и опровержением противников. Свои рассуждения о славе Бога и творении мира, о божественном Провидении и Троице, о бессмертии души автор излагает так, чтобы читатель отличал религиозную веру от философских выкладок. Утверждается, что необходимое для спасения благочестие верующий обретает, усваивая догматы.
В «Наставлении» утверждается доктрина первородного греха и величие Христа, Его пророческая, царская и священническая миссия в качестве Посредника и Спасителя. На основе мистических убеждений в скрытом действии Святого Духа трактуются проблемы благодати Бога и оправдания верой, божественного предопределения и конечных судеб мира и человека. В отдельную тему выделен моральный кодекс христианина. Расположив темы о «видимой» церкви и государстве в заключении книги, Кальвин наглядно дал понять читателю, что эти учреждения далеки от божественного, они являются лишь внешними мирскими средствами, которые помогают грешному человеку приблизиться к евангельскому идеалу.
Здесь нет вполне оригинальных доктринальных тезисов, поскольку реформаторы старшего поколения — Лютер, Меланхтон, Буцер, Фарель — в той или иной степени разработали эти положения. Начатую ими ревизию католической догматики Кальвин согласовал и систематизировал. Их концепции христианства исходили из того, что вне критики находятся евангельские истины о Боге-Творце и промыслителе, о первородном грехе, Троице, бессмертии души, наказании и телесном воскрешении. Но по широте тематики «Наставление» превосходит все богословские произведения XVI в., и эта книга считается классическим изложением вероучения протестантизма.
