Как христианский мыслитель, Цвингли считал позорным традиционную военную службу своего народа в армиях иноземных государей и призывал покончить с наемничеством швейцарцев. Однако эта его проповедь нарушала экономические интересы населения, которое не поддержало религиозных и политических начинаний Цюриха.
Военные неудачи не остановили Реформации в Цюрихе, которая была продолжена под руководством Генриха Буллингера (1504–1575). В городе удалось преодолеть католическую реакцию, новые выступления радикальных реформаторов, а также разграничить полномочия церкви и государства. Проект Цвингли создать коалицию протестантских государств против императорской династии Габсбургов не был осуществлен, поскольку не удалось достичь компромисса с Лютером, но Буллингер способствовал сплочению реформированных церквей. При нем был достигнут компромисс в трактовке евхаристии и сблизились религиозные позиции Цюриха и Женевы. «Второе гельветическое исповедание» Буллингера утвердилось также в реформированных церквах Шотландии, Венгрии и Польши.
В процессе развития Реформации посредником между швейцарскими и немецкими городами являлся Страсбург. Викарий кафедрального собора Матвей Целл проповедовал тысячам горожан учение Лютера, а руководил реформами Мартин Буцер при поддержке магистрата. В городских приходах были назначены проповедники Евангелия, учреждены школы, опубликован новый катехизис. Затем была выработана церковная конституция, утвердившая участие светских лиц в церковных структурах и обращавшая большое внимание на духовную дисциплину верующих. Гуманист Иоганн Штурм, один из организаторов протестантского образования, возглавил обучение «просвещенной набожности» в гимназии, превратившейся впоследствии в Академию.
Особая теологическая концепция Буцера получила отражение в «Исповедании четырех городов» («Confessio Tetrapolitana»), которое было оглашено на том же сейме в Аугсбурге в 1530 г., где Филипп Меланхтон представил лютеранское «Аугсбургское вероисповедание». В своей евхаристической формуле Буцер занимал промежуточную между Лютером и Цвингли позицию. Духовный и политический климат Страсбурга отличался терпимостью к представителям различных направлений Реформации и в том числе к радикальным реформаторам. Однако политическая самостоятельность Страсбурга не устраивала имперские власти, и по требованию Карла V реформатор был изгнан из Страсбурга. Эмиграция Мартина Буцера в Англию способствовала укреплению там сочувствия к Реформации на континенте. В Страсбурге же было представлено «Аугсбургское вероисповедание», что определило в дальнейшем переход официальной церкви Страсбурга на позиции лютеранской ортодоксии.
