Первые известные по источникам починки и переделки Пятницкого храма относятся к 1670 г., когда на деньги черниговского тогда еще полковника, а позднее генерального обозного, Дунина-Борковского была сделана новая кровля. Большие работы велись также в 90-х гг. XVII в., может быть, не без участия украинского архитектора Ивана Зарудного.
Тогда на восточном фасаде был возведен фигурный фронтон, завершенный зубцами, увенчанными рипидами. Выразительными были абрис фронтона, изящная криволинейная «бровка» — карнизик ниже зубцов, — очерчивающая прихотливую по форме плоскость с лепным гербом гетмана. На западном фасаде фронтон был сложнее. Он состоял из трех частей, расположенных ступенчато, каждая из которых имела такое же венчание, как и фронтон на восточном фасаде. Подобные зубчатые фронтоны имеются только на Военно-Никольском и Богоявленском соборах в Киеве, возведенных в конце XVII в. Иваном Зарудным с участием Осипа Старцева. Впервые соображение об авторском участии Ивана Зарудного в сооружении этих двух зданий было высказано И. Грабарем. Нам кажется, что его предположение может быть подтверждено как архитектурным анализом, так и историческими событиями. Зарудный был выдающимся зодчим, о чем свидетельствуют его постройки в Москве. Зная Зарудного как талантливого архитектора, Петр I, конечно, не преминул вызвать его к себе, а чтобы как-то компенсировать гетману Мазепе утрату такого крупного мастера и для завершения начатых Зарудным работ он посылает ему Осипа Старцева. Поразительное тождество архитектурных деталей Пятницкой церкви, относящихся к концу XVII в., и киевских Богоявленского и Военно-Никольского соборов не случайно: бесспорно, фронтоны черниговской постройки являлись творчеством Ивана Зарудного.
В XVII в. при Пятницкой церкви был учрежден девичий монастырь; были построены деревянная ограда и рубленые кельи. Но в 1750 г. во время сильного пожара монастырь сгорел. В 1755 г. храм не только был восстановлен, но и расширен: с его северной стороны соорудили небольшую пристройку. Над ней и над апсидами были сделаны в стиле украинского барокко маленькие грушевидные главки, а над куполом возведен очень красивый барочный двухъярусный верх. В 1820-х гг. была построена новая каменная ограда, в которой разместились небольшие торговые помещения, а также сооружена двухъярусная колокольня по проекту архитектора Карташевского. Колокольня очень хорошо вязалась с архитектурой ограды и церкви
