28 сентября Орлов был уже в Москве, его сопровождала свита и воинские части. Сразу по приезде было дано много разумных распоряжений, но главным в деятельности Орлова было, как сейчас говорят, «волевое решение». Необходимо было навести в городе порядок и дисциплину, а для этого следовало найти и примерно наказать зачинщиков бунта. Для разбора дела бунтовщиков была создана следственная комиссия из духовных и светских лиц.
Еропкин до приезда Орлова много успел сделать, он тоже приказывал не промышлять воровством в чумных домах и сжигать их немедленно, но это не всегда исполнялось. А ведь было около трёх тысяч таких домов, где вся семья вымерла и дверь нараспашку, заходи, кто хочет. Теперь по всей Москве пылали очистительные пожары.
Ещё в Петербурге Орлов говорил, что главная беда чумного города — это панический страх перед болезнью. В Москве он вёл себя совершенно бесстрашно: вовсе не прятался от чумы, по городу, храмам и лазаретам ходил открыто, с людьми разговаривал без надрыва, спокойно и вежливо, но в распоряжениях его чувствовалась твёрдость. Измученные люди поняли, что приказы его надо исполнять неукоснительно, что наконец-то будет наведён порядок.
Свой дворец на Вознесенской улице Орлов отдал под лазарет. Всем, кто работал по борьбе с чумой, он увеличил жалованье, лекарям — втрое. Для детей-сирот, потерявших в чуму родителей, был учреждён приют под ведомством вице-президента Мануфактур-коллегии Сукина. Орлов приказал покупать у ремесленников их изделия, чтобы у тех были деньги на пропитание, а безработным также придумал работу — исправлять Тульскую, Коломенскую, и Калужскую дороги, рыть канал для подпитки реки Неглинки, — главное, чтоб люди ещё и от голода не помирали.
Москва сильно опустела, некому было наводить порядок и убирать трупы. Орлов предложил набирать в мортусы из всех каторжан, брать и убийц, и уголовников, этим людям за их страшный труд была обещана свобода. Он также объявил, что если люди крепостного состояния пойдут работать в лазареты, карантины и прочие «заразительные работы», то они получат вольную. И что ж, нашлись такие люди.
Следственная комиссия предоставила Сенату свои материалы. Народу было арестовано много, были найдены и убийцы митрополита Амвросия, но зачинщики смуты, те, с которых всё началось, обнаружены не были. А ведь перед бунтом по Москве был пущен слух: мол, как ударят в набатный колокол, бросай всё и беги к Кремлю. Народ и побежал. На следствии арестованные как один говорили, что уж и не упомнят, кто ему про этот набат говорил.
