Через год Екатерина призвала Завадовского на службу и буквально завалила его работой. Ему поручили управление Санкт-петербургским дворянским банком, он председатель в комиссии по строительству Исаакиевского собора, курирует строительство в подмосковном Царицыне, заседает в Сенате, и, наконец, а это главное, Екатерина пытается использовать его в деле народного просвещения. Екатерина была одержима идеей воспитания «нового человека». Век Просвещения учил, что все беды человечества связаны с невежеством. Вот будут все грамотными, и наступит на земле золотой век. Она и сама писала труды по вопросам воспитания, а Завадовский стал первым чтецом их и критиком.
В 1782 году была создана Комиссия об учреждении училищ. Руководить комиссией был назначен Завадовский. Он весь отдался работе — народ надо было «выводить из мрака невежества». Был разработан «План к установлению народных училищ в Российской империи», по которому в столицах и губернских городах учреждались четырёхклассные народные училища, а в уездных — двухклассные малые народные училища. Школы предназначались для всех сословий и содержались за счёт государства. Екатерина очень положительно оценивала его работу. Завадовский получает чин тайного советника, становится сенатором.
В 1783 году в Петербурге было открыто Главное народное училище по подготовке учителей. В 1786 году на базе этого училища появилась Учительская семинария — искали новые методы и формы преподавания. Следствием этой работы было открытие 25 народных училищ в губернских городах. За эту службу Завадовский был награждён императрицей орденом Святого Владимира I степени, а также получил 8000 душ крестьян в Малороссии. Тогда же был основан дворянский благородный пансион для мальчиков, это уже не частное, а государственное учреждение.
Кроме того, Завадовский был назначен управляющим медико-хирургической школой и как организатор очень преуспел в этом направлении. Медицинская школа была преобразована в академию, велось грамотное обучение медиков.
Знаком высшего доверия императрицы к Завадскому было и то, что она поручила ему опекунство над графом Бобринским, сыном её и Григория Орлова.
Между тем Завадовский купил себе дом на Миллионной улице и решил обзавестись семьёй. Невесту он нашёл в доме Кирилла Григорьевича Разумовского, с которым все эти годы поддерживал самые тесные отношения. Невеста — Вера Николаевна Апраксина — была прелестная девица, но у неё был значительный недостаток, подмоченная репутация. То есть сама-то невеста была чиста, но вот маменька, Софья Осиповна, была фигурой скандальной и опасной, её знал весь Петербург и очень не одобряла сама императрица. Софья Осиповна, по мужу Апраксина, приходилась К. Разумовскому племянницей. После смерти жены Кирилла Григорьевича она переехала к нему в его дом и прожила там почти тридцать лет. Она перессорила старика Разумовского с детьми, после его смерти распорядилась богатством в свою пользу. Но это всё потом, да и не это главное, мало ли какие склоки бывают в семьях из-за денег? Петербургское общество было уверено, что дочь Софьи Осиповны — Вера Николаевна — хоть и носила фамилию Апраксина, на самом деле была дочерью Разумовского, то есть была внебрачным ребёнком.
