По всей вероятности, именно в начале следующего, 1699 года Брюс вернулся из Англии, выполнив все возложенные на него поручения. А сделано было действительно немало. Находясь с Петром в Дептфорде, где царь трудился с 11 января по 25 апреля 1698 года на судоверфи, арендуемой адмиралом Бенбоу, он помогал Петру изучать технологии кораблестроения, чтение чертежей для сборки корабля, посещал корабельные мастерские Дептфорда, Портсмута, Чатама. Профессиональный подход к делу строительства кораблей и изучения корабельной архитектуры оказался не просто успешным. Сам Петр Алексеевич писал: «Если бы не поездка в Англию, я так и остался был хорошим плотником, никогда не стал бы кораблестроителем».
Посещали они вместе артиллерийские заводы Вульвича и других городов. За этот период вместе с Я. В. Брюсом Петр I наладил контакты с учеными-математиками и астрономами, вел переговоры о приглашении на службу. Десятки ученых и специалистов приехали работать в Россию и стали активными проводниками идей просвещенного монарха-преобразователя. В обшей сложности более девятисот человек прибыли в Россию на русскую службу. В большинстве своем они преподавали в созданных в начале XVIII века школах, руководили новыми учреждениями, участвовали в формировании новой русской армии и военно-морского флота.
Безусловно, в этой работе непосредственное участие принимал Я. В. Брюс, ибо одно из особых поручений, возложенных на Якова Вилимовича Петром, было «поручение обозреть английские школы и представить о них отчет». Кроме этого, Петр Алексеевич посетил Гринвичскую обсерваторию Флэмстида, познакомился с «диковинками» — экзотическими экспонатами в музее, после чего решил создать свою обсерваторию и Кунсткамеру — первый российский музей. В этом Брюс оказался единственным советчиком, кто был способен со знанием дела помогать государю. Вообще Я. В. Брюса можно смело называть человеком, наиболее четко из всех «птенцов гнезда Петрова» представлявшим суть и масштаб будущих преобразований в России.
Пребывание Брюса вместе с Петром в Англии повлияло и на будущую символику России. Именно шотландец Брюс обосновывает русскому царю идеи протестантизма в христианстве, после чего Петр стал более решительно проводить реформы по отношению к Русской православной церкви, а во внешней политике в основном налаживает контакты и проводит переговоры с протестантскими государствами (Англией, Данией, Норвегией, германскими землями). Андреевская символика (крестовый флаг военно-морского флота, орден Святого Андрея Первозванного), введенная в России в 1698 году, появляется в нашей стране именно благодаря Брюсу. Это показали исследования кандидата исторических наук, старшего научного сотрудника Института всемирной истории Российской академии наук Д. Г. Федосова, переводчика уникального дневника Патрика Гордона, издаваемого с 2000 года под эгидой РГВИА издательством «Наука».
