Однако после отплытия торговых кораблей Петр I решил дождаться прихода новых товаров, которые обычно поступали в Архангельск к Успенской ярмарке. Ждать пришлось целый месяц, поскольку торговая флотилия прибыла 10 сентября. До 17 сентября устраивались праздничные мероприятия с фейерверками и балами.
Петр Алексеевич назначает Ф. М. Апраксина воеводой Архангельска, оставляет в помощь ему Брюса, с тем чтобы к следующей навигации осуществить спуск нового корабля, киль которого он заложил самолично. Кроме того, был заказан новый корабль бургомистру Амстердама Николаасу Витзену (Витсен, Витцен). Это должно было стать основой для российского торгового флота в Архангельске.
Петр I выехал из Архангельска с намерением вернуться в следующую навигацию в мае 1694 года. К этому сроку планировалось завершить строительные работы и спустить на воду первый корабль «Святой Павел». Словом, оставшиеся осенью 1693 года в Архангельске специалисты должны были упорно трудиться, чтобы встретить царя в мае следующего года во всеоружии. Вероятно, тот их работу одобрил. А тот факт, что Я. В. Брюс остался в Архангельске до следующей навигации в качестве помощника Апраксина в осуществлении строительных работ, дает повод считать Брюса хорошим специалистом в военном строительстве — инженером-фортификатором. При этом если вспомнить, что его старший брат Роман впоследствии будет строить Санкт-Петербург в качестве обер-коменданта, можно утверждать: образование, которое получили братья в Немецкой слободе, относилось именно к этой специализации.
Вторая поездка в Архангельск была более внушительной: 22 баржи, 300 человек свиты, 24 корабельные пушки, 1000 пищалей, множество бочек с порохом и еще больше бочек с пивом. Высшие морские чины получили ближайшие сподвижники: Ф. Ю. Ромодановский стал адмиралом, И. И. Бутурлин — вице-адмиралом, П. И. Гордон — контр-адмиралом. Сам Петр избрал звание шкипера, намереваясь принять командование голландским фрегатом, заказанным Витзену.
Выезд из Москвы состоялся в конце апреля, и уже 18 мая флотилия Петра достигла Архангельска.
Первым делом Петр отправляется к месту строившегося корабля и убеждается в том, что корабль к спуску готов. Спуск состоялся 20 мая. Однако отправляться в намеченную экспедицию Петр не стал, дожидаясь корабля, заказанного в Голландии.
Именно в период ожидания голландского корабля Петр совершил знаменитое путешествие в Соловецкий монастырь, едва не завершившееся трагически. Только благодаря искусству местного кормчего Антипа Тимофеева, выведшего яхту «Святой Петр» в бурю через Унские рога — два ряда далеко вдающихся в море подводных камней — в Унскую бухту к Пертоминскому монастырю, трагедии удалось избежать.
