В те же 1850-е годы выходит ряд статей о Петре и его сподвижниках, а затем и многотомное издание «Истории царствования Петра Великого» Н. Г. Устрялова, где приводится большое количество документов, связанных с Петром и Я. В. Брюсом. На тот период времени это была наиболее полная история Петровской эпохи, где Брюсу уделялось немаловажное место как одному из ближайших сподвижников Петра.
В 1862 году печатается труд П. П. Пекарского «Наука и литература в России при Петре Великом». Рассказывая о календарях, издававшихся в России в начале XVIII века, автор представляет Брюса, добавляя при этом, что, живя в детстве в отдаленной провинции, слышал много рассказов о нем мистического характера (Пекарский родился в 1827 году). Однако, приводя документы и письма Брюса Петру, Пекарский дает ему характеристику как человеку ученому, занимавшемуся переводческой и издательской деятельностью, непосредственно участвовавшему в петровских преобразованиях и военных событиях. Особенно впечатляют автора астрономические опыты Брюса. В том же 1862 году появляется статья преподавателя Московского университета профессора И. М. Снегирева «Сухарева башня», где он, приводя народные предания, рассказывает о черных отреченных книгах, которые были положены в Сухареву башню чернокнижником. Под этим чернокнижником понимается Я. В. Брюс. Вспоминаются легенды о том, как Брюс занимался предсказаниями в оборудованной им обсерватории на Сухаревой башне.
В 1866 году в типографии Главного артиллерийского управления Артиллерийским комитетом начинает издаваться «Артиллерийский журнал». В трех номерах этого журнала выходит очень подробное исследование жизни и деятельности второго генерал-фельдцейхмейстера в русской армии Якова Вилимовича Брюса. Автор публикации М. Д. Хмыров всесторонне подходит к представлению Брюса, рассказывая о его военных заслугах, прежде всего как создателя российской артиллерии, как активного участника петровских преобразований, ученого и дипломата, занимавшегося переводческой, издательской и организаторской деятельностью.
В конце XIX века в журнале Министерства народного просвещения появляется обширная статья исследователя Ф. Керенского «Древнерусские отреченные верования и календарь Брюса». В этой статье всесторонне рассматривается влияние, которое оказали самые различные еретические и мифологические идеи русского общества на издание, получившее название «Первобытный Брюсов календарь», вышедший в 1875 году.
