Так, через четыре года после начала военных действий Вилим Брюс дослужился от прапорщика до полковника русской армии. «И послан на службу Великого Государя в Курск с полком. И после того был в Болхове и во Белеве. И по указу Великого Государя тот ево полк в Белеве роздал по разным приказом в стрельцы, а ему по указу Великого Государя и по грамоте велено быть к Москве с начальными людьми. И с Москвы послан в Смоленск с полком».
Полк Брюса принимает участие в военных действиях под Могилевом в 1660 году, где входил в подчинение князя Ю. А. Долгорукого.
В 1664 году полковника Брюса «пулькою ранили тяжелою увечною раною» под селом Сигновичи, в Смоленском уезде.
После этого полковник Брюс в военных действиях не участвует.
По всей вероятности, в 1666 году Вилим Брюс женился. Письма Я. В. Брюса и его старшего брата Романа «братцу» Андрею Инглису, написанные в 1705–1706 годах после взятия Нарвы, дают повод считать, что мать Якова Брюса первым браком была замужем за Юрием Инглисом, умершим в 1665 году. Брюс тогда получил земли в пригороде Нарвы, а Андрей Инглис был назначен комендантом Нарвы. Кстати, в письме указывается, что Брюс подарил сестре Инглиса Елене, бывшей замужем за Н. Н. Балком, дом.
До 1672 года Вилим Брюс жил в Смоленске, владея пожалованными ему двором и землями в Смоленском уезде. При переформировании смоленских полков он был переведен в Москву. Все его поместья и вотчины в Смоленском уезде были отписаны на государя в 1673 году.
Живя в Немецкой слободе в Москве, В. Брюс до 1679 года участвует в ежегодных весенних смотрах. Здесь в Москве выросли его дети, получили образование, которое позволило им впоследствии стать крупными военными и государственными деятелями. Вопрос о возможности получения образования в Москве подробно освещается в исследованиях В. А. Ковригиной, которая пишет, что еще до Петра I в царствование Алексея Михайловича жители Немецкой слободы создавали школы при культовых учреждениях (кирхах, костелах), были подобные школы и в отдельных кварталах слободы, нанимались домашние учителя, гувернеры. Следовательно, получившее впоследствии распространение в России домашнее образование в Немецкой слободе существовало еще до Петра I. Здесь, пожалуй, важен не сам термин «домашнее образование», которое предполагает обучение ребенка на дому нанятым для этого учителем, а само содержание процесса обучения, в ходе которого учитель практически передает не только свои знания, а жизненный опыт, «работая» в непосредственном контакте с учеником. Так обучали своих детей иностранные специалисты, селившиеся в Немецкой слободе. В. А. Ковригина называет Романа и Якова Брюсов жителями слободы, родившимися и выросшими здесь. Более того, она утверждает, что оба брата не только учились в Немецкой слободе, но впоследствии там и преподавали
