С наступлением весны Невельской поручил Орлову заведовать и нижними чинами, и всем казённым имуществом экспедиции. За короткое тёплое время построили очень много, даже примитивный кирпичный заводик. Помимо этого, Орлов по приказанию Невельского отправился в августе на маленьком четырёхвесельном ялике исследовать фарватеры лимана. Погода была отвратительная: хлестал дождь, сильный ветер поднял волнение. В мелководном лимане волны швыряли ялик так, что с большим трудом удавалось удержать его от переворота. Ни о каких измерениях глубин не могло быть и речи в таких условиях. С большим трудом Орлову и матросам удалось догрести до берега. Назад по Амуру было не вернуться. Тогда он прошёл в залив Де-Кастри, перетащил с матросами ялик через перешеек у мыса Сущёва и по речушке и озёрам вышел на Амур, по которому возвратился в Петровское.
В ночь с 15 на 16 июля 1852 года пять матросов сбежали на вельботе из Мариинского поста. Малопонятно, на что они рассчитывали, видимо, просто уже не могли терпеть каждодневную каторгу. Невельской организовал преследование. Однако дезертиров не обнаружили. Они сгинули без следа. Не нашёлся даже вельбот. А может быть, преследователи и не очень старались: матросы захватили с собой оружие, ничего хорошего их не ждало, поэтому терять им было нечего.
Все заботы, касающиеся снабжения экспедиции, Невельской свёл к написанию многочисленных рапортов и отношений.
Вместо налаживания деловых дружеских отношений с начальником Аянского порта и фактории Александром Филипповичем Кашеваровым он слал ему предписания, требуя снабдить экспедицию всем необходимым. Тот объяснял, что не может выходить за пределы норм, разрешённых ему правлением. Потеря упомянутых выше судов — удар по компании, он сам не получил из-за этого всего необходимого. И тем не менее Кашеваров из собственных скудных средств кое-что послал Невельскому, на свой страх и риск. Зная, что Орлов и Березин — сотрудники Российско-американской компании, он направлял им рекомендации и указания. Невельской, не считая нужным входить в объяснения с Кашеваровым о том, что они теперь находятся в его подчинении, запретил Орлову и Березину не только выполнять указания начальника фактории, но даже отвечать на его письма. Возникла никому не нужная конфликтная ситуация.
Нарушая субординацию, Невельской слал письма с требованиями поставок продовольствия и вещей первой необходимости в главное правление компании в Петербурге, написанные в таком тоне, будто там сидели его подчинённые. Генерал-губернатор Восточной Сибири был вынужден поставить капитана 1‑го ранга на место, сделав ему письменное внушение: «…должен заметить Вашему Высокоблагородию, что выражения и самый смысл этих бумаг выходит из границ приличия и, по моему мнению, содержание оных, кроме вреда для общего дела, ничего принести не может».
