Репрессии 1937 года не обошли стороной А. И. Берга — два с половиной года ему пришлось провести в кронштадтской тюрьме, однако в итоге необоснованные обвинения были сняты. После выхода на свободу в мае 1940 года и восстановления в должности преподавателя Военно-морской академии он продолжает свою преподавательскую и научно-исследовательскую деятельность и вместе с академией, в связи с началом Великой Отечественной войны, эвакуируется — сначала в Астрахань, потом в Самарканд.
Там начинается новый этап деятельности А. И. Берга — работа по организации Совета по радиолокации. Берга вызывают в Москву к адмиралу Л. М. Галлеру, начальнику Главного штаба Военно-морского флота, и он привозит ему свою стройную систему организации радиолокации как отрасли отечественной промышленности. Совет по радиолокации при Государственном Комитете Обороны СССР был создан под председательством члена ГКО Г. М. Маленкова, заместителем председателя стал А. И. Берг.
После упразднения Государственного Комитета Обороны в связи с окончанием войны, переходом страны на мирные рельсы и передачей оборонных заказов в области радиолокации в ведение Министерства обороны СССР А. И. Берга назначают заместителем министра. Пребывание на этой должности — а он занимал ее при Н. А. Булганине и Г. К. Жукове — можно считать пиком его продвижения по служебной лестнице.
В 1957 году А. И. Берг по личной просьбе освобожден от должности заместителя министра обороны по состоянию здоровья, после чего полностью отдается работе в системе Академии наук СССР. Еще в 1953 году он основывает Институт радиотехники и электроники Академии наук СССР. В 1959 году А. И. Берг возглавил научный совет при Президиуме АН СССР по комплексной проблеме «Кибернетика» — по той самой кибернетике, которая еще совсем недавно считалась «лженаукой». Вопреки всему он доказал действенность кибернетических подходов и в социалистическом обществе, и в технике, развиваемой нашей страной.
А. И. Берг скончался 9 июля 1979 года в возрасте 86 лет. Имя адмирала, Героя Социалистического Труда, академика Берга носит Федеральное государственное унитарное предприятие «Центральный научно-исследовательский радиотехнический институт» Российского космического агентства — преемник легендарного ВНИИ-108, который в свое время возглавлял Аксель Иванович и в котором многие годы проработал автор.
Близко зная А. И. Берга в течение многих лет и тесно работая с ним, могу засвидетельствовать, насколько крупной личностью он был. Не сделав ни одного официального открытия или изобретения, он тем не менее, будучи выдающимся организатором науки, сыграл огромную роль в развитии отечественной радиоэлектроники, а впоследствии — и кибернетики. Берг умел не только уловить передовые направления в науке, но и отличить и всячески поддержать людей, способных совершить прорыв в этих направлениях, создать этим людям все условия для работы. Все лично знавшие А. И. Берга (а таких, к счастью, еще немало) отмечают сочетание в нем таких ценнейших для руководителя качеств, как жесткость и отзывчивость, принципиальность и гибкость, умение, как сейчас говорят, «делегировать полномочия» и готовность при необходимости брать ответственность на себя.
