Как и базисная, мировоззренческая функция, методологическая функция философии может быть представлена в виде совокупности подфункций.
Выполняя эвристическую подфункцию, философия содействует приросту новых научных и других знаний. Пытаясь объяснить всеобщность причинно-следственных зависимостей мира, открывая универсальные законы общества, живой и неживой природы, философия выявляет общие закономерности познания, объясняет его динамику, выявляет предельные основания культуры. В состав научной теории входят ее философские основания — философские категории и принципы, необходимые для решения философских проблем конкретной теории.
Философии принадлежит огромная роль в соединении научного знания с господствующим мировоззрением, с категориями культуры той или иной эпохи. Философская база науки служит средством адаптации научных знаний к господствующим в культуре мировоззренческим установкам, что имеет огромное значение для научного поиска вообще.
Другая подфункция философии как методологии — координирующая — заключается в том, чтобы согласовать между собой в процессе научного исследования различные методы. Зачастую отдельные методы исследования отходят на второй план, а роль других незаслуженно преувеличивается или преуменьшается из-за разобщенности в общенаучной методологии, связанной со специализацией наук. Отсюда важно найти интегральный подход к определению логической связи между отдельными группами методов. Данная подфункция тесно связана с логико-гносеологической.
Логико-гносеологическая роль философии в научном познании заключается не только в использовании логического аппарата и логического построения научной теории, но и в изучении проблем, связанных с познанием вообще.
Последняя в этой группе подфункция философии — интегрирующая — выполняет объединяющую роль философского знания. Только философия имеет возможность заложить основы системности и сформировать интегральный взгляд на гуманитарное знание в целом, служа связующими элементами для различных дисциплин. Через онтологию и гносеологию философия соединена с современными концепциями естествознания и философией науки, образуя комплекс онтолого-гносеологических дисциплин. С онтологией и гносеологией тесно связана антропология, позволяющая увидеть единство психологии, педагогики, логики и риторики. Этика, эстетика и философия религии представляют аксиологию, тесно связанную с антропологией и социальной философией. Далее выстраивается целостный комплекс из социологии, политологии, экономической теории, культурологии благодаря соответствующей философской конкретизации социальной философии, которая включает в себя и философию истории. На стыке социологии, политологии зарождается новый уровень осмысления — теория государства и права, который, совершенствуясь и обобщая, дает толчок философии права.
