В мае 1943 года в RLM приняли решение о том, что фирма Klemm в Бёблингене закончит под руководством Вилли Мессершмитта первую партию «Комет», а затем продолжит выпуск этих самолетов уже самостоятельно. До этого времени на предприятиях Мессершмитта в разной степени готовности находились 23 «Кометы». Необходимо было освободить место для наращивания выпуска остро необходимых истребителей Bf 109 и Bf 110. 23 мая 1943 года из Рейхсминистерства пришло указание отстранить Клемма от руководства выпуском «Комет», а на его место назначить доктора Венца. Клемм, фанатичный пацифист, был против того, чтобы выпускающиеся его фирмой самолеты использовались в качестве боевых машин. Предельным компромиссом для него был выпуск учебных самолетов для люфтваффе.
Шпете в разговоре с новым директором предприятия получил заверение в том, что фирма готовится к выпуску самолетов. Завод № 2, находящийся на Зиндельфингерштрассе, должен был выпускать фюзеляжи и крылья, а выпуск других узлов планировалось наладить на других предприятиях: Flettner, Focke-Achsnels, Wolf Hirth, Shemp & Boser. Бронированный нос фюзеляжа делали румыны, бензобаки поставляло предприятие из Коттбуса (Хотебужа), а гидравлическое шасси — из Зонненберга. Окончательная сборка проводилась на заводе № 1 Клемма на Кальверштрассе. Как сообщал директор Венц, основную рабочую силу на заводе составляли девушки, угнанные из Советского Союза.
Шпете потребовал подготовить трех пилотов, которые должны были облетывать новые машины. Этими пилотами стали: Вуа, Першалль и Лам. Они проходили обучение в составе ЕК 16 летом 1943 года.
В то время несколько Me 163 без двигателей проходили испытания в Пенемюнде. Другие машины в это время летали в Регенсбурге: VI служил для испытаний тормозного парашюта, V2 — для наземных испытаний вооружения и других узлов, V3 — для испытаний двигателя на заводе Walter6 V4 с двигателем R II-203 — для испытаний радиооборудования в полете, V7 — для испытаний пушки МК 108, a V8 (также оснащенный мотором R II-203) летал в Пенемюнде, испытывая вооружение и радиостанцию.
Постоянная неопределенность с двигателем Вальтера заставила конструкторов Me 163 искать другие двигатели.
На Me 163B (V10) планировалось установить ракетный двигатель BMW Р.3330А. Этот двигатель был создан на фирме BMW в качестве альтернативы двигателю Вальтера. В реестре RLM баварский двигатель обозначался как RLM 109–510. Для Me 163C был создан вариант двигателя с двумя камерами сгорания (Р.339 °C/3391; RLM 109-708А). Тяга двигателя изменялась в пределах от 600 до 2500 кг.
