Над Кохрейном продолжали сгущаться тучи. В момент ареста Беранже имел при себе банкноты, выпущенные на имя Кохрейна. Лодочник Джордж Оделл выловил в Темзе сверток с разрезанным на куски красным военным мундиром; там же находились звезда и серебряный герб. Портной Соломон признал, что он продал мундир человеку по имени Беранже за три дня до рокового события.
Адмиралтейство следило за ходом расследования. Когда комитет биржи заявил о подозрениях в отношении Кохрейна, секретарь Адмиралтейства Джон Уилсон Крокер написал письмо подозреваемому с требованием объяснений. 22 марта Кохрейн письменно ответил на требование и приложил показания слуг, данные под присягой. Адмиралтейство уже назначило другого офицера исполняющим обязанности капитана корабля Тоннами вместо Кохрейна, и 7 апреля судно вышло в море.
У Кохрейна были весомые причины для беспокойства. В это время серьезно заболела Кэт, которая должна была вскоре родить ребенка. Она выдержала все испытания и 18 апреля родила мальчика, которому при крещении дали имя Томас Барнс Кохрейн,
Через два дня после рождения мальчика газеты объявили, что Беранже, лорд Кохрейн, Ричард Батт, Эндрю Кохрейн-Джонстон и еще четыре человека обвиняются в организации заговора; нарушители закона распространили лживое известие о смерти Наполеона Бонапарта, что спровоцировало рост цен на бумаги правительственных фондов.
Председателем суда, которому предстояло рассмотреть необычное дело, был лорд Элленборо — маститый юрист, видный деятель партии тори, член парламента и спикер палаты лордов. Он был врагом политиков радикального толка и отправил в тюрьму Коббета и Генри Ханта. Процессы против них были политически мотивированными.
Одно обстоятельство приобретало колоссальное значение для исхода дела в отношении Томаса Кохрейна. Должен ли он стоять в одном ряду с другими подозреваемыми в совершении преступления или его дело следовало вынести в отдельное производство? Есть свидетельство, что члены суда проявляли волнение по этому поводу. Кохрейн не дистанцировался от других подозреваемых и подставил себя под удар.
Процесс начался в 9 часов утра 8 июня. Общественный интерес к событию был очень большим, и зрители заполнили зал заседания суда.
Кохрейн не присутствовал на процессе. Он проводил время на заводе, который изготовлял его лампу.
Обвинитель изложил факты, описав события 21 февраля. Свидетелями выступили владелец таверны в Дувре, лодочник, выловивший сверток в Темзе, портной и другие. Обвинитель обратил внимание суда, что Кохрейн занимал деньги у Ричарда Батта и выиграл на скачке курса ценных бумаг. Далее он говорил о такой детали, как цвет формы мундира Беранже. Кохрейн написал, что мундир был зеленым, слуги были того же мнения. Однако извозчик, доставивший Беранже к дому Кохрейна, поклялся, что мундир был ярко-красного цвета. Если свидетельство извозчика верное, то из этого вытекает следующее: Кохрейн солгал, давая свое клятвенное показание; увидев человека в ярко-красном мундире офицера штаба, Кохрейн обязан был заподозрить неладное; Кохрейн является участником заговора.
