Моряки горячо и с энтузиазмом приветствовали прославленного капитана. Они сочувствовали его делу и оказывали Кохрейну всяческую поддержку.
В Мессине он провел эксперименты с минометом, конструкцию которого сам изобрел. Сицилия богата серой, и Кохрейн посещал ее месторождения. Он обратил внимание на убийственное действие диоксида серы: когда ее поджигали, облака ядовитого газа уничтожали вокруг все живое. В голове Кохрейна родилась идея создания химического оружия.
Из Сицилии он отправился на Мальту и достиг большой гавани Ла-Валетга 20 февраля 1811 года. На Мальте находился офис суда, который был главной целью путешествия Кохрейна. Этот суд налагал штрафы на моряков и делал удержания денежных сумм. Кохрейн хотел добиться справедливости для всех и имел личный счет к местному суду.
Регламент работы суда, размеры штрафов и удержаний определялись актами парламента. На Мальте были свои порядки, местные судьи допускали незаконное совмещение должностей и сами составляли таблицу штрафов и удержаний. Она не была доступна для общего ознакомления, хотя по закону эта информация должна быть открытой.
Кохрейн не нашел иного способа достижения своей цели, кроме незаконного. Он выкрал таблицу, но был пойман с поличным. Его обязали вернуть таблицу в течение двух дней, но он этого не сделал.
Капитан-парламентарий был арестован и посажен в тюрьму, однако друзья вскоре помогай ему бежать. Заключенный перепилил решетку и спустился по веревке. В гавани его ждала быстроходная лодка, которая доставила беглеца на судно.
Кохрейн вернулся в Лондон 11 апреля. Судья Высокого суда Адмиралтейства получил рапорт о поведении Кохрейна на Мальте. Суд счел, что оно было проникнуто духом презрения. В то же время мальтийский суд, по мнению юристов Адмиралтейства, в сложившихся обстоятельствах в отношении Кохрейна поступал правильно.
6 июня Кохрейн инициировал дебаты в палате общин по вопросу о действиях судов. Попытка была неудачной, и позднее он предложил создать специальный комитет. Хотя действия Кохрейна ни к чему не привели, он был прав в своих оценках. Последовавшие события это подтвердили, и были зафиксированы новые вопиющие факты злоупотреблений и коррупции членов суда на Мальте.
Оставшееся время парламентской сессии Кохрейн посвятил вопросам о выплатах жалованья, об условиях жизни моряков и условиях содержания военнопленных.
Задержки выплат жалованья были предметом недовольства моряков на протяжении многих лет. Они стали причиной бунтов на кораблях в Спитхеде и Норе в 1797 году. Отправившись в дальнее плавание, моряки не видели денег годами. Это было тяжело для людей на службе Его Величества, но еще страшнее для их семей. Кохрейн привел конкретные примеры названных нарушений и получил ответ от Чарльза Йорка, первого лорда Адмиралтейства. Йорк заявил, что поздно рассматривать этот вопрос в самом конце парламентской сессии. Он добавил, что корабли подолгу находятся на дальних станциях и избежать задержек с выплатами жалованья невозможно.
