Еретики всячески способствовали распространению слухов о причастности Софьи к смерти Ивана Молодого. Но Иван III на провокацию не поддался. Более того, он не препятствовал обличениям жидовствующих, прозвучавшим на Соборе 1490 года, и преследованию некоторых из них. Атака на еретиков тогда, правда, не удалась. Во-первых, это связано с тем, что на Руси еще не было опыта борьбы с тайными союзами. Имей Иван III у себя инквизицию, Курицына и его сторонников сожгли бы в два счета. Во-вторых, Иван III опирался ранее на их помощь в своей борьбе с Новгородом. В тот период еретики вроде Алексея и Дениса на деле доказали свою преданность московскому князю, отчего и получили затем выгодные назначения в столице. Тем не менее решения Собора 1490 года можно считать ответным ударом христианской партии за убийство сына Ивана III.
Ход дальнейшей политической борьбы между приверженцами Софьи (православными) и Елены Стефановны и Курицына (жидовствующими) за московский престол удобно изложить в виде хроники последовательных событий.
Осень 1497 года. Иван III распорядился подготовить торжественный обряд «венчания на царство» внука Дмитрия. Узнав об этом, сторонники Софьи и княжича Василия составили заговор. Предполагалось физическое устранение Дмитрия, а также бегство княжича Василия на Белоозеро. Однако все это так и осталось замыслами.
Декабрь 1497 года. Князь узнает о заговоре. Следует арест всех его участников, включая Василия, и свирепая расправа: шесть человек были казнены, многие из «детей боярских» заключены в тюрьму.
В ходе расследования выяснилась причастность к заговору Софьи Палеолог. Утверждалось, что Софья добыла яд для умерщвления Дмитрия и готовилась пустить его в ход. В летописи записано: «И в то время опалу положил князь великий на жену свою, на великую княгиню Софию, о том, что к ней приходиша бабы с зелием; обыскав тех баб лихих, князь великий велел их казнити, потопити в Москве реке нощию, а с нею с тех мест нача жить в брежении».
4 февраля 1498 года. 14-летний Дмитрий Иванович был торжественно объявлен наследником престола в Успенском соборе Московского Кремля. Софья и ее сын Василий на коронации отсутствовали.
Январь 1499 года. Иван III обрушил гнев на своих давних фаворитов князей Патрикеевых. Глава дома, Иван Юрьевич Патрикеев, был приговорен к смертной казни, которую в последний момент заменили пострижением в монахи и ссылкой в Троице-Сергиев монастырь. Его сын Василий Косой (будущий вождь нестяжателей Вассиан Патрикеев) отделался пострижением и ссылкой в Кирилло-Белозерский монастырь. На плаху отправился лишь зять Ивана Патрикеева — князь Семен Иванович Ряполовский. Клан Патрикеевых поддерживал Дмитрия и был его опорой.
