Успех летных испытаний позволил перейти к следующему этапу испытаний — запуску самолета с пусковой установки. 25 февраля 1945 года четыре пороховые стартовые ракеты 109–533 “Шмидцинг” подняли самолет с манекеном вместо летчика в кабине в воздух, и по истечении 10 секунд отделились от самолета, произошло включение ракетного двигателя, самолет достиг заданной высоты и затем его части и манекен благополучно спустились на землю на парашютах.
Однако выполненный 28 февраля первый пилотируемый полет окончился трагически — на высоте примерно 450 м произошло отделение фонаря кабины летчика, самолет опрокинулся на спину и врезался в землю. Пилот-испытатель Лотар Зибер погиб.
Гибель Зибера не отразилась существенным образом на программе испытаний, и уже в марте были произведены три успешных пилотируемых запуска “Наттеров”. После этого было принято решение о прекращении испытаний и передаче самолета в серийное производство.
Серийная модификация самолета имела обозначение Ва-349В (“Берта”), а опытной модификации было присвоено обозначение Ва-349А (“Антон”). Серийная модификация имела модифицированный ракетный двигатель HWK-109-509C с максимальной тягой 2000 кг. Он был снабжен дополнительной маршевой камерой сгорания, позволявшей за счет уменьшения тяги до 200 кг увеличить время полета самолета с двух до четырех минут.
Параллельно с развертыванием серийного производства в начале апреля в районе Штуттгарта началось сооружение стартовой площадки для самолетов “Наттер”, на которой монтировалось 10 пусковых установок. Однако эти работы, как и организация серийного производства не были завершены. Пусковые установки и завод по выпуску “Наттеров” в Вальдзее были захвачены американцами. Всего было изготовлено 36 фюзеляжей самолетов “Наттер”, из которых 22 были использованы для испытаний.
Тактико-технические характеристики самолета Ва~349А
| Год принятия на вооружение | 1945 |
| Экипаж | 1 человек |
| Максимальная взлетная масса | 2200 кг |
| Размеры: длина | 6,02 м |
| размах крыла | 4,25 м |
| Силовая установка: |
| количество двигателей х тяга | 1 ЖРД х 1700 кг |
| 4 стартовых ТРД х 1200 кг |
| Максимальная скорость полета на высоте 5000 м | 800 км/час. |
| Скороподъемность (начальная) | 185 м/мин |
| Практический потолок | 14000 м |
| Радиус действия на высоте 12000 м | 40 км |
| Вооружение | 33 НУР R4M или 24 НУР Fohn |
В середине 1944 года германским Институтом динамики полета DVL рассматривался и был одобрен проект планера-истребителя, предназначенного для действий против бомбардировщиков противника с предельно малых дистанций.
