25 марта 1799 г. указом Павла I вице-адмирал Ф.Ф. Ушаков за боевые отличия при взятии Ионических островов был произведен в адмиралы. Но ни новое звание, ни награды не могли отвлечь адмирала от повседневных забот, связанных с очень плохим снабжением эскадры. 30 марта Ушаков направил Томаре очередное письмо, в котором сообщал о заболеваниях среди личного состава эскадры вследствие употребления недоброкачественного продовольствия, присылаемого турецкими властями, и о необходимости принятия решительных мер к своевременному снабжению эскадры хорошими продуктами.
В конце марта на рейде Корфу стояли: корабли «Св. Павел» (флаг Ф.Ф. Ушакова), «Захарий и Елизавета», «Богоявление Господне», «Симеон и Анна», «Мария Магдалина», «Св. Троица», «Св. Михаил», фрегаты «Сошествие Святого Духа», «Богородица Казанская», «Навархия», у пристани разоруженный «Св. Петр» и пленный «Леандр». Фрегаты «Григорий», «Счастливый», «Навархия» пошли в порт Гуви на ремонт.
Обстановка в Италии в то время была чрезвычайно сложной. Французы, которых итальянское население, поверив в республиканские лозунги, встречало с радостью, вскоре проявили себя как самые обыкновенные захватчики. Волна народного возмущения росла с каждым днем. Ее умело использовал бежавший неаполитанский король Фердинанд. Антифранцузская борьба набирала силу.
29 марта к Ф.Ф. Ушакову прибыл уполномоченный от короля Фердинанда с просьбой об оказании поддержки наместнику короля кардиналу Руффо, который, встав во главе народного движения в пользу восстановления монархии, уже выступил с ополченцами против французов. При этом неаполитанский король требовал, чтобы Ушаков со всем соединенным флотом и десантными войсками следовал в Неаполь. 31 марта Ушаков отправил донесение Павлу I об этой просьбе и сообщил, что будет ожидать прибытия русских войск, а затем следовать в Неаполь.
Одновременно к Ушакову прибыли депутаты городов Бриндизи и Лечо также с просьбой о поддержке против французов и республиканцев. Корабли союзной эскадры исправлялись после освобождения Ионических островов и штурма Корфу. Поэтому Ушаков отправил к итальянским берегам небольшую эскадру.
В то время как Ушаков освобождал Ионические острова и создавал Республику Семи островов, Франция завоеванное ею Неаполитанское королевство превратила в Партенопейскую республику.
Приказ об оказании помощи в восстановлении королевской власти в Неаполе получил от Павла I и адмирал Ушаков.
В апреле, когда А.В. Суворов начал освобождать от французов Северную Италию, Ф.Ф. Ушаков приступил к изгнанию войск противника из южной части Апеннинского полуострова — из Партенопейской республики. Республика была создана 12 января 1799 г. французами, захватившими континентальную часть Королества Обеих Сицилии (король бежал в Неаполь, где базировалась эскадра Г. Нельсона). Налоги и тяжелые контрибуции вызвали восстание народа против французов. Неаполитанский король, решив использовать народное движение, направил в Италию кардинала Руффо, который в конце января собрал в Милето ополчение и выступил с ним к северу.
