По ее условиям войска гарнизона (2931 человек, в т.ч. 4 генерала) отпускались во Францию с условием не участвовать в течение 18 месяцев в военных действиях против государств второй коалиции. На следующий день Ушаков пишет рапорт Павлу I о взятии Корфу.
А.В. Суворов, получив известие о взятии Корфу, воскликнул: «Великий Петр наш жив! Что он, по разбитии в 1714 г. шведского флота при Аландских островах, произнес, а именно: природа произвела Россию только одну: она соперниц не имеет, — то и теперь мы видим! Ура! Русскому флоту!.. Я теперь говорю самому себе: зачем не был я при взятии Корфу хотя мичманом?»
22 февраля корабль «Св. Петр» задержал пришедший к Корфу французский бриг, командир которого не предполагал, что крепость уже взята русскими.
Французский гарнизон Корфу был посажен на суда и отправлен в Тулон. В качестве трофеев были взяты 629 орудий, много оружия и продовольствия. Были захвачены линейный корабль «Леандр», фрегат «Брюн», бомбардирский корабль «Фримёр», поляка «Экспедисьон» (прибывшая в Корфу перед самой капитуляцией), девять гребных судов и, кроме того, три торговых судна, вскоре возвращенных их владельцам. Потери союзников — 299 человек, в том числе русских — 31 убитых и 100 раненых, турок и албанцев — 69 убитых и 99 раненых. При распределении морских трофеев «Леандр» достался русским, «Брюи» — туркам, остальные суда также распределены между союзниками. «Леандр» впоследствии был передан Англии, как бывший английский. Он был отведен в порт Гуви для ремонта.
Занятием крепости Корфу завершилось освобождение Ионических островов. Корфу стал временной базой союзного русско-турецкого флота.
В мае 1799 г. на освобожденных островах была создана Республика Семи Островов. Высшая административная власть в ней принадлежала выборному сенату, состоявшему из делегатов от органов самоуправления, куда избирались представители не только высших классов, но также ремесленников и крестьян. Республика считалась под временным протекторатом России и Турции. Русская военная власть не вмешивалась во внутренние дела островов. Освободив Ионические острова, Россия приобрела на Средиземном море военную базу, которую в дальнейшем очень успешно использовала в ходе войны третьей коалиции европейских держав против Франции.
Г. Нельсон, находившийся в Палермо, 15 февраля направил Ф.Ф. Ушакову письмо с просьбой о присылке части русской эскадры в Мессину для оказания помощи неаполитанскому королевству: «Милостивый государь!
