В конце декабря 1798 г. французы направили из Анконы для поддержки гарнизона Корфу три линейных корабля, два вспомогательных судна и около 3 тысяч человек войск. 5 января 1799 г. Ушаков выслал им навстречу отряд контр-адмирала П.В. Пустошкина: корабли «Св. Михаил», «Симеон и Анна», фрегаты «Богородица Казанская», «Счастливый» и два турецких фрегата. 7 января 1799 г. отряд пришел к городу Авлона, а 13-го — в Новую Рагузу. Здесь выяснилось, что французский отряд, стоявший у острова Лисса, узнав о выходе русско-турецкого отряда, поспешно вернулся в Анкону.
3 февраля 1799 г. отряд П.В. Пустошкина вернулся в Корфу.
1 января 1799 г. соединенная русско-турецкая эскадра находилась у Корфу, встав вокруг острова Видо. По южную сторону Корфу стоял отряд Д.Н. Сенявина — «Св. Петр», фрегаты «Св. Михаил», «Григорий Великия Армении», «Навархия», «Сошествие Святого Духа», «Счастливый», акат и два авизо. С 4 января по 19 февраля продолжалась ежедневная редкая перестрелка неприятеля с русскими береговыми батареями.
13 января французские канонерские лодки попытались выйти дальше выстрелов орудий крепости Видо, но, попав под огонь русских кораблей, возвратились.
Во время чрезвычайно темной ночи с 25 на 26 января при крепком южном ветре корабль «Женере», бриг и галера, у которых паруса были выкрашены в черный цвет, прорвался и ушел в Северный проход в сторону Анконы, хотя наши суда при его проходе немедленно открыли огонь. За французским кораблем погнались «Захарий и Елизавета», «Богоявление Господне» и два турецких фрегата. Но в ночной темноте французские суда оторвались. Еще раз подтвердились прекрасные ходовые качества французских судов. Линейный корабль «Женере», в январе ушедший с Корфу, 18 ноября 1799 г. был взят в плен эскадрой Г. Нельсона у Мальты.
Против Корфу 28 января возвели новую береговую батарею. К концу января общее число присланных албанских войск доходило до 4250 вместо обещанных Портою 10 тысяч.
Ф.Ф. Ушаков разработал диспозицию штурма крепости, которая была точно выдержана во время боя. Принимая в расчет мощную оборону крепости и недостаток десантных войск, адмирал предусматривал атаку крепости с моря, а затем с суши при четкой согласованности действий десанта с корабельной артиллерией. Этот метод противоречил общепринятой в то время тактике действий флота против морских крепостей, которая предписывала блокаду крепости с моря и штурм с суши.
Из-за нехватки сухопутных войск адмирал решил бросить на штурм укреплений и часть команд кораблей. Моряков обучали стрельбе из ружей, применению штурмовых лестниц и фашин — всему, что необходимо было уметь в сухопутном бою.
