К концу года русские суда собрались в английских базах. Наиболее поврежденные были поставлены в доки на ремонт. С июля по сентябрь 1800 г. русские корабли, совместно с английскими, крейсировали в Северном море, блокируя голландские берега.
16 сентября было получено Высочайшее повеление — возвращаться в Россию. «Александру Невскому» приказано из-за ветхости идти в английский порт на соединение с эскадрой М.К. Макарова, контр-адмиралу K.E. фон Брейеру с остальными судами идти в Россию.
В начале 1800 г. в портах Англии находились 14 кораблей («Елисавета», «Всеволод», «Мстислав», «Болеслав», «Ретвизан», «Иона», «Александр Невский», «Северный Орел», «София-Магдалина», «Св. Петр», «Европа», «Иануарий», «Михаил», «Эмгейтен»), 6 фрегатов («Счастливый», «Рига», «Рафаил», «Венус», «Николай», «Константин»), катер «Диспач» и два транспорта. Кроме них в Англии находились суда Архангелогородской эскадры, сильно пострадавшие от штормов в 1799 г.
В конце мая суда М.К. Макарова, Е.Е. Тета и К.Е. фон Брейера собрались на Портсмутском рейде. На суда начали перевозить русские войска с английских судов. Всего принято 3185 человек. Остальные войска были отправлены в июле на русских и английских судах.
Первой в Россию 5 июня ушла эскадра К.Е. фон Брейера, 25 июня она пришла в Кронштадт.
19 июня остальные суда эскадр под командованием вице-адмиралов М.К. Макарова и Е.Е. Тета покинули Англию и, зайдя в Копенгаген, 9 июля прибыли на Ревельский рейд.
Фрегаты «Рига» и «Константин» были посланы в Ла-Манш для снятия русских войск с островов Гернзей и Жирзней. 19 июня они, придя к островам, сняли 214 русских солдат. 30 июня фрегаты вышли в море, сопровождая английские транспорты с русскими войсками. В начале августа фрегаты пришли в Ревель, а затем — в Кронштадт.
В Портсмуте остались корабль «Европа» — ожидал оставшиеся войска, транспортное судно «Ландфрейнд» для погрузки артиллерии, которую англичане передавали вместо потерянной русскими войсками в Голландии. В Ширнесе для исправления повреждений стояли корабли «Ярослав», «Москва», фрегаты «Феодосии Тотемский», «Рафаил» и в Лите фрегат «Тихвинская Богородица». Все они переданы под командование вице-адмирала Б.А. Баратынского, с предписанием по готовности судов перейти немедленно в Портсмут и посадив войска следовать в Ревель.
Вице-адмирал Б.А. Баратынский в середине июля с отрядом пришел в Портсмут. Приняв на борт 700 человек войск, суда 19 июля вышли из Портсмута. С русской эскадрой шли два английских транспорта, выделенные специально для перевозки 275 человек больных. Эскадра, зайдя в Копенгаген и из-за противных ветров дважды делая остановки, вставая на якорь, 3 сентября пришла на Ревельский рейд.
