По всей видимости, к этому времени Котошихин сильно раскаивался в своей эмиграции, так как, узнав о том, что в Нарве находится его старый сослуживец Михаил Прокофьев, поспешил к нему. Но тот не только не стал общаться со знакомцем, но и немедленно сообщил новгородскому воеводе князю В.Г. Ромодановскому о перебежчике. Воевода тут же потребовал у шведов выдать «вора» и отрядил для этого в Нарву стрелецкого капитана. Но шведы, как выяснилось, выдавать Котошихина вовсе не собирались. Для безопасности его посадили в тюрьму, где и держали до 9 декабря 1665 г., когда в Нарву прибыл старый знакомый подьячего – Адольф Эберс. Он привез бумагу, разрешавшую Котошихину переезд в Стокгольм и поступление на государственную службу.
5 февраля 1666 г. Котошихин прибыл в столицу Швеции. Его принял король Карл XI, который распорядился выдать эмигранту 150 далеров серебром. В том же году Григорий Карпович приступил к работе над обширной запиской о России, которая была заказана ему шведским государственным канцлером Магнусом Делагарди. Шведские власти были весьма заинтересованы в работе Котошихина и 29 ноября 1666 г. назначили ему немалое жалованье – 300 далеров серебром в год. Поселился Котошихин в Стокгольме в доме старого знакомого, переводчика Даниила Анастасиуса, с которым у него сложились теплые отношения.
Все испортил, как это часто бывает, обыкновенный алгоколь. 25 августа 1667 г. Анастасиус поссорился с женой, после чего Котошихин по ее просьбе помирил супругов. Домовладелец с постояльцем вместе отправились в город, чтобы купить в знак примирения кольцо. Вернулись оба вдрызг пьяные и начали выяснять отношения. Анастасиус обвинял Котошихина в ухаживаниях за женой, гнал из дома, выкрикивал оскорбления. В конце концов завязалась драка, в разгар которой Котошихин несколько раз ударил хозяина дома «испанским кинжалом». Раны оказались смертельными, и 9 сентября Анастасиус умер.
Котошихин переживал случившееся очень тяжело – будучи в тюрьме, он попытался покончить с собой. 26 сентября шведский суд приговорил его к смертной казни, но отсрочил ее исполнение специально для того, чтобы Григорий Карпович смог ознакомиться с основами лютеранской веры, которую он захотел принять перед смертью. В начале ноября 1667 г. Котошихин был обезглавлен в Стокгольме. Хоронить казненного не стали – его тело перевезли в Упсальский университет и предоставили медикам для препарировния. Скелет Котошихина хранился в Упсале еще долгие годы…
