Расследование велось двумя судами: светским и судом инквизиции. Вызванный для объяснений Жиль де Ре заявил:
— Я не намерен отвечать разбойникам и богохульникам! Лучше повесьте меня сразу, без вашего продажного суда!
Его заключили под стражу и пригрозили отлучением от церкви. Тут же схватили многих его приближенных и слуг. Одновременно поступали все новые заявления о похищениях и убийствах детей. Жиль де Ре понял, что дело принимает опасный для него оборот. Он извинился перед судьями и просил не отлучать его от церкви. Когда у человека той эпохи таяла надежда оправдаться перед людским судом, у него оставалась лишь вера в высшую справедливость и безграничное милосердие Божье; поэтому так важно было оставаться в лоне церкви Христовой. Жиль де Ре признался в чтении книг по алхимии и производстве алхимических опытов. Все остальное он категорически отрицал и сам просил суд испытать правдивость его слов каленым железом.
Однако судьи решили, что каленое железо — это слишком легкое испытание для такого злодея, и назначили настоящие пытки. Когда барона привели в пыточную камеру и он увидел весь ужасный инструментарий, отважный рыцарь впервые дрогнул. Ему показали первый этап — «лестницу», на которой его будут растягивать за ноги и за руки. Тут барон пал на колени и молил судей отменить пытки, обещая чистосердечное признание.
Упорствовать не было смысла. Ведь сообщников барона уже пытали, и они поведали о своем хозяине такое!.. Поэтому Жиль де Ре признался по всем пунктам, как сказано в протоколе, «свободно, без угрозы пыток, со слезами раскаяния на глазах». И все равно его пытали, растянув на «лестнице», после чего подсудимый сознался и в том, о чем его не спрашивали. Сорок девять пунктов обвинения вкратце сводились к следующему: за несколько лет Жиль де Ре похитил сотни детей, преимущественно мальчиков, насиловал и мучил их, затем убивал, а их органы приносил в жертву демонам и самому Дьяволу. Разумеется, в материалах следствия его злодеяния были описаны очень подробно; сцены половых извращений и садистских истязаний представляют настоящий учебник для маньяков и педофилов.
В конце октября суд инквизиции приговорил Жиля де Ре к отлучению от церкви, а светский суд — к сожжению на костре. Вместе с хозяином были приговорены к такой же казни двое ближайших подручных. Перед смертью барон покаялся и примирился с церковью; в виде особой милости палач предварительно задушил его гарротой; его тело вытащили из огня почти неповрежденным и передали родственникам для христианского захоронения.
