Кочубею Мазепа писал надменно и даже оскорбительно: «А что поминаешь в своем пасквильном письме о каком-то блуде, того я не знаю и не разумею». Он упрекал Кочубея в каких-то прежних проступках и вдобавок обвинял судью в том, что он находится под влиянием жены-злодейки. (Характеристика Веры Федоровны Кочубей как домашнего деспота попала в труды историков только со слов Мазепы, но можно ли ему верить? Известно, что прежде он весьма ценил Веру Федоровну и вел с ней доверительные беседы. Возникшая взаимная ненависть Веры Федоровны и Мазепы наводит на подозрение: а не подкатывался ли к ней гетман в свое время? Тогда гнев обманутой женщины и оскорбленной матери становится более понятным.) В душе Матрены в это время обида на Мазепу боролась с любовью к нему. Гетман замечал это охлаждение: «Вижу, что Ваша Милость совсем изменилась своею любовью прежнею ко мне. Как знаешь, воля твоя, делай что хочешь! Будешь потом жалеть…» Разумеется, и в этой перемене Мазепа винил Кочубеев, а он был не из тех, кто умеет прощать: «…больше не буду терпеть от врагов своих, сумею отомстить, а как, сама увидишь», — писал он в последнем послании к Матрене.
В конце концов общая обида Кочубеев вновь сплотила семью. Ослабели чары Мазепы, прошла и любовь Матрены. Утихла справедливая ярость родителей. Осталась только боль. Та боль, которую одна месть способна утишить.
Наружно страсти улеглись. Через два года к Матрене посватался молодой шляхтич Чуйкевич, и Кочубей, по обычаю, обратился за советом к куму. Мазепа ответил, что готов благословить брак крестницы, но рекомендовал судье не торопиться: в скором времени мы подыщем ей знатного пана, пообещал он. Эти слова окончательно убедили Кочубея, что Мазепа готовит измену. Дальнейшие действия Кочубея невозможно объяснить исключительно жаждой мести. Как показал под следствием поп Святайло, «Кочубей зело плакал и говорил, что из-за измены гетманской быть Украине под ляхами».
В 1707 году Кочубей отправил в Москву попа Святайлу, затем монаха Никанора с устными предостережениями: «Гетман Иван Степанович Мазепа хочет великому государю изменить и Московскому государству учинить пакость великую». Делу хода не дали, только взяли Кочубея на заметку как «злосеятеля». Видя, что проку от таких посланцев мало, Кочубей отправил своего друга, бывшего полковника Искру, к российскому полковнику Федору Осипову с сообщением о готовящейся измене. Просили Осипова передать эти сведения на самый верх, дабы друзья Мазепы не предупредили гетмана.
