После перемирия фон Зект оказался очевидным кандидатом на должность начальника Генерального штаба. Однако непосредственно в ходе послевоенного переворота он был назначен в Кенигсберг руководить пограничным командованием «Север». Будучи поставленным во главе этого командования, созданного для реагирования на послевоенное угрозы, фон Зект должен был организовать эвакуацию немецких войск из России, антибольшевистские военные действия балтийских стран и оборону восточных границ от русских и поляков. В период с января по апрель 1919 года фон Зект успешно эвакуировал немецкую армию из России и навел порядок в восточных областях.{131}
С апреля по июнь 1919 года фон Зект был представителем Генерального штаба на Версальской мирной конференции, где неудачно попытался смягчить требования союзников, направленные на фактическое разоружение Германии.{132} После того, как немцы в июне 1919 года приняли условия Версальского соглашения, фон Зект был назначен председателем Комиссии по организации армии мирного времени, которая должна была реорганизовать германскую армию в соответствии с версальскими условиями.
Фон Зект также являлся действующим руководителем Генерального штаба. В ноябре 1919 года он официально распустил Генеральный штаб по приказу командования войск Антанты, заняв должность руководителя его фактического преемника, Войскового управления (Truppenamt).{133} В должности руководителя фон Зект начал программу, направленную на осмысление и переработку основ германской военной доктрины в соответствии с опытом Первой мировой войны и собственными идеями фон Зекта. В марте 1920-го, после неудавшегося капповского путча, был уволен генерал Вальтер Рейнхардт, самый большой противник фон Зекта в политике, тактике и вопросах организации армии, а фон Зект был поставлен во главе армейского командования. На этой должности фон Зект подчинялся только министру обороны и президенту. Таким образом, вплоть до своей отставки в 1926 году, фон Зект мог менять организацию армии и системы ее обучения так, как он этого хотел.
Хотя фон Зект разъяснил многое из своих военных теорий в речах, армейских документах и послевоенных книгах (таких как «Мысли о солдате» и «Рейхсвер»), его основные идеи были ясно сформированы уже в 1919 году. В его докладе перед высшим армейским командованием от 18 февраля фон Зект кардинально порвал с немецкой военной традицией, защищая создание маленькой, элитной, профессиональной армии, основанной на принципах добровольного комплектования, а не всеобщей воинской обязанности.{134} (Важно отметить, что фон Зект был твердо убежден в необходимости создания элитной профессиональной армии и превосходстве способов ведения маневренной войны уже за три месяца до того, как Антанта в Версале обязала немцев иметь профессиональную армию.) Мысли Зекта о войне и организации армии стали базой для военной доктрины Рейхсвера между войнами.
