Летом 1942 года, когда началась основная депортация евреев из Варшавского гетто в концентрационные лагеря, Анилевич перебрался на юго-запад Польши, находившийся под властью Германии, с целью организации вооруженной защиты. Когда он вернулся, то из 350 000 евреев гетто было в живых только 60 000.
Сохранилась лишь небольшая "Еврейская организация бойцов" без какого-либо оружия с многочисленными проблемами, связанными с потерей ее членов и неудачами. Анилевич приступил к реорганизации группы и добился успеха, пользуясь поддержкой всего польского подполья и осуществляя идею борьбы против депортации в концентрационные лагеря. Следующим шагом в его деятельности была организация Комитета общественности и Комитета по координации действий.
В ноябре 1942 года Анилевич был избран главным руководителем организации. К январю 1943 года еще несколько борющихся групп молодежного движения были организованы в гетто. Была налажена связь с Польской Армией, которой руководили из Лондона, их снабдили оружием. 18 января 1943 года нацистами была намечена вторая большая депортация евреев из Варшавского гетто в концентрационные лагеря. У штаба не было достаточно времени для обсуждения ответных действий, но по общему мнению необходимо было начать действия вооруженных групп реагирования.
Отряды сопротивления начали свои действия одновременно из двух пунктов. Анилевич руководил боевыми действиями на главной улице. Бойцы отряда напали на конвой, сопровождающий депортированных лиц, между улицами Заменгоф и Ниска, получив сигнал к действию, участники акции разбежались кто куда и затаились. Однако большинство членов ха-Шомер ха-Цаир были убиты в ходе этой операции. Это была существенная победа организации, потому что через четыре дня после восстания, нацисты приостановили свои действия.
В следующие три месяца (с января по апрель 1943 года) велась интенсивная подготовка к новым выступлениям. Это был знаменательный период для всего подполья и организации, возглавляемой Анилевичем. 19 апреля 1943 года в канун Песаха началась последняя депортация евреев, что послужило началом восстания.
С самого начала превосходство было на стороне сил сопротивления, поэтому фашисты понесли большие потери. В течение трех дней шли сражения на улицах города. Нацисты стянули свои войска и намного превзошли по численности и вооружению подпольщиков, сотни которых с револьверами в руках пытались противостоять фашистам, но их шансы были минимальными. Однако бойцы проявили героизм и отвагу и не сдавались.
