Тридцатипятилетний период в Кембридже тоже не был творческим с начала и до конца. В нем выделяются два поразительных всплеска. Один относится к интервалу 1665-1667 годов, в течение которого Ньютон жил в Вульстропе, скрываясь от чумы, свирепствовавшей в Англии в 1664-1667 годах. «В то время я был в расцвете моих изобретательских сил, — пишет Ньютон в своей записной книге, — и думал о математике и философии больше, чем когда-либо после.» В те годы он создал анализ бесконечно малых — дифференциальное и интегральное исчисление («метод флюксий», в терминологии Ньютона), начал сооружать первый в истории отражательный зеркальный телескоп (за его создание он был избран в Королевское Общество в 1672 году), выполнил знаменитые оптические эксперименты.
Дальше была довольно спокойная полоса. Ньютон с большим трудом решался на открытую публикацию своих результатов. Его оптические работы увидели свет только через 5-6 лет после того, как были закончены, математические — через 45 лет в отдельном небольшом мемуаре, а в полном объеме лишь после его смерти в 1736 году. Когда Ньютона избирали в Академию, он был (по характеристике Барроу) молодым человеком с «необычайными способностями», мужем «славным и выдающихся знаний», который еще практически ничего не опубликовал. После того, как в 1672 году он, наконец, напечатал свои исследования о свете, последовала ожесточенная полемика и приоритетные споры (в основном с Гуком), после которых Ньютон ограничил свои контакты с внешним миром. С 1672 по 1684 годы он ведет замкнутую жизнь, читая лекции, которые мало посещают и плохо понимают, занимаясь алхимией и размышляя о принципиальных проблемах механики и тяготения, на которых застопорилась его работа в конце 60-х годов.
Наконец, в 1684 году в возрасте 42-х лет под влиянием некоторых внешних факторов Ньютон начинает беспрецедентную по интенсивности деятельность, закончившуюся через полтора года созданием «Математических начал натуральной философии». Весной и осенью 1866 и весной 1867 года выходят последовательно три книги «Начал». В совокупности — это около 700 страниц текста, содержащего десятки теорем, сотни следствий и решений прикладных задач, многие из которых, по отдельности, могли бы составить славу любому исследователю. Поэтому можно сказать, используя современные критерии и терминологию, что за полтора года Ньютон написал больше сотни блестящих статей.
После этого научная активность Ньютона затухает. В 1691-1693 годах он переживает кратковременное психическое расстройство, вызванное, возможно, последствиями перенапряжения, а в возрасте 53-х лет, как уже говорилось, прекращает научную работу и перебирается в Лондон. Таким образом, его активный творческий период составляет 22 года (1665-1686).
