Когда Михаил Афанасьевич уже не мог писать, Елена Сергеевна вела дневник за него.
4 марта 1940 года она записала последние слова мужа: «Я хотел служить народу… Я хотел жить в своем углу… Я никому не делал зла…»
9 марта у больного началась агония. «Он дал мне понять, что ему что-то нужно, что он чего-то хочет от меня, – вспоминала Елена Сергеевна. – Я предлагала ему лекарство, питье – лимонный сок, но поняла ясно, что не в этом дело. Тогда я догадалась и спросила: „Твои вещи?” Он кивнул с таким видом, что и „да” и „нет”. Я сказала: „Мастер и Маргарита”? Он, страшно обрадованный, сделал мне знак головой, что „да, это”. И выдавил из себя два слова: „Чтобы знали, чтобы знали”».
Михаил Афанасьевич Булгаков скончался 10 марта в 16 часов 39 минут. «Когда он уже умер, – рассказывала Елена Сергеевна, – глаза его вдруг широко открылись – и свет, свет лился из них. Он смотрел прямо и вверх перед собой – и видел, видел что-то, я уверена (и все, кто был здесь, подтверждали потом это). Это было прекрасно».
Спустя 20 лет, в очередную годовщину смерти мужа, Елена Сергеевна писала его брату Николаю Афанасьевичу Булгакову: «Он умирал так же мужественно, как и жил… не всякий выбрал бы такой путь. Он мог бы, со своим невероятным талантом, жить абсолютно легкой жизнью, заслужить общее признание. Пользоваться всеми благами жизни. Но он был настоящий художник – правдивый, честный. Писать он мог только о том, что знал, во что верил. Уважение к нему всех знавших его или хотя бы только его творчество – безмерно. Для многих он был совестью. Утрата его для каждого, кто соприкасался с ним, – невозвратима».
Елена Сергеевна добилась, чтобы Михаила Афанасьевича похоронили на престижном Новодевичьем кладбище. На похороны собралась целая толпа. Пришел даже бывший муж Елены Сергеевны Шиловский. Он вторым браком был женат на Марьяне Алексеевне Толстой, дочери писателя Алексея Николаевича Толстого, и вполне благополучен. Особых причин приходить на похороны Булгакова не было. Разве что отдать дань уважения покойному и примириться с ним – хотя бы сейчас.
…Когда Елена Алексеевна пошла в камнетесную мастерскую выбирать надгробие, ее взгляд привлек простой тяжелый валун. Его перевернули – и оказалось, что с другой стороны на нем высечено имя Николая Васильевича Гоголя: это был камень, который когда-то поставили над его могилой на кладбище Даниловского монастыря! Кладбище было уничтожено, а прах Гоголя перенесен на Новодевичье, только надгробие ему поставили уже другое – пышное, помпезное. А этот скромный камень отправили на переработку… Булгаков боготворил Гоголя, считал себя его учеником и литературным преемником. Елена Сергеевна выбрала бывшее надгробие Гоголя в качестве памятника на могиле мужа.
