Научное становление Маркаряна началось со времени поступления в 1953 г. в аспирантуру на кафедру истории зарубежной философии МГУ. Это были благодатные годы «оттепели», когда оказалось возможным творческое развитие и относительно свободное освоение достижений зарубежной и отечественной науки. Напряженная и кропотливая работа над темой кандидатской диссертации «Исторический очерк и критический анализ концепции общественного круговорота» [69] , знакомство в подлиннике с трудами Дж. Вико, Н. Я. Данилевского, О. Шпенглера, А. Дж. Тойнби и других видных представителей культурно-исторической школы – заложили прочный теоретико-методологический фундамент и сформировали устойчивый интерес молодого учёного к различным теориям развития культуры (органицизму, диффузионизму, цивилизационизму, эволюционизму и т. д.). Заметное влияние на формирование его концептуальных представлений оказали идеи американских культурологов и антропологов, придерживавшихся неоэволюционизма и мультикультурализма (Л. Э. Уайт, Дж. Стюард, М. Харрис, М. Салинс, Э. Р. Сервис и др.), причём, со многими из них он был знаком лично и состоял в длительной переписке. В отдельных работах Маркаряна также ощущается идейная близость культурфилософским поискам и футурологическим прогнозам Ст. Лема, работы которого он неоднократно цитировал в своих собственных произведениях. Вместе с тем на формирование научных взглядов и мировоззренческих принципов Э. С. Маркаряна решающим образом повлияло (и в тех условиях не могло не повлиять!) господствовавшее в СССР материалистическое учение, диалектический и исторический материализм.
С начала 1960-х гг., заинтересовавшись интенсивно развивавшимися в те годы в естественных науках кибернетикой и системными исследованиями, Маркарян одним из первых в нашей стране поставил беспрецедентную задачу сопряжения системного подхода с исследованием эволюционных социокультурных процессов, прилагая его основополагающие принципы к изучению общественной жизни людей, человеческой деятельности и самому феномену культуры. В этот период у него устанавливаются контакты с группой известных учёных, специализировавшихся в области системного анализа (Д. М. Гвишиани, В. Н. Садовский, А. А. Малиновский, И. В. Блауберг, Г. П. Щедровицкий, Э. Г. Юдин и др.). Хотя, справедливости ради, следует отметить, что, несмотря на дружеские связи у Маркаряна с этими исследователями (особенно с Д. М. Гвишиани и В. Н. Садовским), эти контакты всё же не переросли в результативное научное сотрудничество – слишком разнились области их исследований. Поэтому разработка принципов системного изучения культуры и общества является целиком его собственной заслугой. В это же время он приступил к подготовке своей докторской диссертации «Методологические проблемы системного исследования общественной жизни», которая была защищена в 1967 г. в Институте философии АН СССР. Идеи этой диссертации во многом задали траекторию последующей исследовательской деятельности Э. С. Маркаряна в течение последующих примерно двух десятилетий.
