По словам Генкеля, все началось с того, что Ломоносов наотрез отказался выполнять лабораторное задание. «Видя, что он, кажется, намерен отделаться от работы и уже давно желает разыгрывать из себя господина, — писал Генкель в рапорте Академии наук, — я решил воспользоваться этим удобным случаем, чтобы испытать его послушание, и стал настаивать на своем, объясняя ему, что он таким образом ничему не научится, да и здесь будет совершенно бесполезен: солдату необходимо понюхать пороху».
Генкеля раздражали знания ученика («желает разыгрывать из себя господина»), которого заставляли негодовать ученические штудии, тогда как у Христиана Вольфа, по его мнению, они это проходили с более квалифицированными объяснениями. Генкеля более всего выводили из себя самостоятельность, гордость, незаурядные знания и здравые рассуждения русского студента. По словам Ломоносова, «в то же время он презирал всю разумную философию, и когда я однажды, по его приказанию, начал излагать химические явления, то он тотчас же, ибо это было сделано не по его перипатетическому концепту, а на основе принципов механики и гидростатики, велел мне замолчать, и с обычным своим умничаньем поднял мои объяснения на смех, как пустую причуду». Михаилу было 28 лет; он был сложившимся мужчиной и в физическом, и в умственном отношении.
Научные основы химии тогда еще только формировались. Не было даже четкого разделения наук. Физику называли экспериментальной философией, химию причисляли к алхимии, медицине или говорили о единой «физико-химии»; вместо геологии было горное дело. А знаменитый английский философ Гоббс утверждал, что лабораторные опыты лишь затрудняют познание реальных природных процессов. (В таком суждении есть доля правды.)
У Генкеля и Ломоносова были разные представления о сути химических реакций. Преподавателя возмущало, что у его ученика было свое мнение на этот счет. В отличие от Генкеля, Ломоносов был сторонником идей ирландского ученого Роберта Бойля (1627–1691), который оборудовал в Оксфорде лабораторию, где проводил химические и физические опыты. Ассистентом у него был Роберт Гук. Благодаря ему Бойль прославился как автор закона Бойля — Мариотта: объем газа при постоянной температуре обратно пропорционален его давлению (произведение данной массы идеального газа на его давление постоянно при постоянной температуре).
Роберт Бойль стал основоположником экспериментальной химии, отделив ее от медицины и алхимии. «Химики, — писал он, — до сих пор руководствовались чересчур узкими принципами, не требующими особенно широкого умственного кругозора; они усматривали свою задачу в приготовлении лекарств, в извлечении и превращении металлов. Я смотрю на химию с совершенно другой точки зрения; я смотрю на нее не как врач, не как алхимик, а как должен смотреть на нее философ. Я начертал здесь план химической философии, который надеюсь выполнить и усовершенствовать своими опытами и наблюдениями. Если бы люди принимали успехи истинной науки ближе к сердцу, нежели свои личные интересы, тогда можно было бы доказать им, что они оказывали бы миру величайшие услуги, если бы посвятили все свои силы производству опытов, собиранию наблюдений и не устанавливали бы никаких теорий, не проверивши предварительно их справедливости путем опытным».
