Еще в 1705 году от князя М. И. Вадбольского Яков Вилимович узнал о выморочных поместьях Федора Пущина, Ивана Клементьева и Юрия Негоновского в новгородских землях (всего более 1100 четвертей земли). В начале января 1706 года Вадбольский советовал «побить о поместьях челом».
Вероятно, тогда же Брюс, получив точные сведения о землях и крепостных крестьянах на них по писцовым и переписным книгам, обратился с челобитной об отдаче этих поместий ему. Учитывая, что по некоторым поместьям были тяжбы с дальними родственниками прежних владельцев и с Иверским монастырем, дело тянулось, по крайней мере, до весны 1706 года.
Однако летом 1706 года новгородский управляющий М. С. Желобовский сообщал своему хозяину Я. В. Брюсу, что «в усадьбах у милости твоей по се число, дай Бог, здорово». Была засеяна яровая пашня даже больше, чем при прежних владельцах. Заканчивался посев ржи. Для домашнего обихода было заготовлено 1500 копен сена. Часть лугов была отдана под сенокос «на оброк». Жизнь крепостных крестьян в новгородских поместьях Брюса была, вероятно, лучше, чем у соседей. Так, бежавшие в Польшу крепостные помещика Ивана Нелединского, прислали к управляющему имениями Брюса крестьянина для переговоров. Они хотели поселиться на новгородских землях Якова Вилимовича («семей с 20»). Скорее всего, в том же году Брюсу, по совету Желобовского, удалось отписать на себя и новгородский дом И. Клементьева.
Таким образом, даже находясь вдали от своих владений, Яков Вилимович находил время заботиться о них. В своих хозяйственных распоряжениях Я. В. Брюс предстает перед нами как рачительный и заботливый хозяин. В общении с «птенцами гнезда Петрова» Яков Вилимович — «политичный» человек, умеющий отстаивать как свои собственные интересы, так и интересы своего ведомства, используя при этом не столько грубый нажим, сколько пути дипломатического воздействия и рычаги влияния в ближайшем окружении Петра I.
Осенью 1706 года военные действия возобновились на территории юго-западной Польши, куда из Киева выдвинулись русские войска. 18 сентября 1706 года Меншиков извещал Я. В. Брюса о переходе неприятеля через Вислу и советовал ему «в доброй быть осторожности, а особливо… остерегаться с левой стороны».
Через несколько дней светлейший князь, как будто предчувствуя грядущее сражение, писал Брюсу: «Я обретаюсь с кавалерией во шти милях от Люблина в местечке Краснике, и завтра паки отсель в намерений путь к Висле пойдем. Того ради, изволь, ваша милость, со всеми при вас будучими людьми, идти за нами сим же путем как возможно… Також прошу, извольте лошадей гораздо кормить овсом и рожью, что где получить можно. И прикажи над драгунами прилежное осмотрение иметь, чтоб лошадей не поморили».
