Все шло своим чередом и не предвещало никаких неприятностей по службе. Как вдруг осенью того же года вместе с князем Меншиковым, адмиралом Апраксиным, фельдмаршалом Шереметевым, адмиралтейским президентом Кикиным и некоторыми другими Брюс заподозрен в «хищении государевой казны» и противозаконных подрядах под чужим именем. С 27 октября по 23 декабря по этому делу было арестовано и допрошено несколько купцов, приказчиков, большинство артиллерийских подрядчиков, комиссаров, секретарей, бургомистров, извозчиков «взяты под караул». Наложен арест на документы Военного, Поместного и Артиллерийского приказов. Комиссия, созданная для расследования дела в начале 1715 года, под председательством В. В. Долгорукого признавала виновными в хищении казны Меншикова, Апраксина, Брюса, Кикина и петербургского вице-губернатора Корсакова, из которых пострадали два последних. Остальные получили от государя прощение, более того, царь «изъявил о том сердечную свою радость принятием Меншикова, Апраксина и Брюса к столу своему с пушечною пальбою». Единственным напоминанием о деле для них остался указ от 27 декабря 1714 года, которым повелевалось: «Публиковать в народе, чтоб всех губерний и приказов и канцелярий всякаго чина люди, кто своим именем, или на имя посторонняго подряжался, о всех своих, как о провиантских, так и о других подрядах, какого звания оные и манера ни были, которые поставлены в Адмиралтейство, в Артиллерию и в прочия места, объявили в Сенате… А буде кто какого чина не будь, ведая свои какие подряды, вскоре не объявит, а после того кто на него в том донесет, и по тому доношению сышется: и те люди, яко преступники, жестоко будут наказаны, с разорением движимых и недвижимых их имений».
Ситуацию с подрядами довольно подробно исследовал Н. И. Павленко, придя к выводу о том, что «ни Шереметев, ни Брюс не были причастны к финансовым махинациям».
Брюс продолжал, по поручению Петра, ученую переписку с Лейбницем о происхождении российского народа и почти ежедневно посещал своего соседа, царевича Алексея Петровича, дворец которого располагался рядом с домом Брюса. При жене царевича кронпринцессе Шарлотте безотлучно находилась тогда жена Брюса Марфа Андреевна. Это подтверждает письмо Петру известной «санкт-питербурхской князь-игуменьи» Ржевской: «По указу вашему, у ея высочества кронпринцессы я и Брюсова жена живем, не на час не отступаем, и она к нам милостива. И я обещаюсь самим Богом, еже ей ей! Ни на великие миллионы не прельщусь и рада вам служить от сердца моего, как умею. Только от великих куплюментов и от приседания хвоста и от немецких явств глаза смутились». О тогдашних отношениях к царевичу самого Брюса один из его подчиненных, видимо, адъютант генерал-фельдцейхмейстера Андрей Брюс рассказывает так: «Зимою 1714 года царевич приехал из-за границы… Я ходил часто с генералом моим (Брюсом) отдавать ему честь, и он часто приходил в дом к генералу, сопровождаемый весьма дурными людьми… Царевича никогда не видно в тех собраниях, где его величество принимает поздравления от всех знатных и чиновных особ в дни торжественные, праздничные, викториальные, спуска кораблей и прочих. Генерал Брюс, живший подле царевича, имел повеление всегда накануне просить его высочество к таким собраниям — и возложил обязанность эту на меня. Но его высочество, чтобы избежать собраний, или принимал лекарство, или открывал себе кровь, всегда извиняясь каким-нибудь нездоровьем, хотя все знали, что он, в то же время, предавался веселостям с своими прегнусными товарищами и не переставал осуждать все действия своего отца».
