Первый раз Павел посетил могилу отца ещё 8 ноября, когда произведено первое вскрытие гроба. Второй раз то же случилось уже в присутствии Императорской Фамилии 19 ноября, когда была отслужена панихида. Начиная с этого дня в Благовещенской церкви ежедневно служились панихиды и дежурили особы первых четырёх классов по Табели о рангах. 25 ноября Павел совершил коронование своего отца, который при жизни не успел короноваться. Государь вошел в царские врата алтаря, взял приуготовленную там корону, возложил на себя и потом, подойдя к останкам отца, и при возглашении вечной памяти снял корону и положил её на гроб отца.
Тело же Екатерины II с 25 ноября находилось в гробу в Большом зале Зимнего Дворца, позже получившего название Николаевского.
1 декабря в Благовещенскую церковь Александро-Невской лавры были доставлены Императорские регалии: корона, скипетр и все высшие ордена, которыми Император награждался по праву властного приоритета. Среди них были и такие, которые учредила Екатерина II: Святого Георгия и Святого Владимира.
1 декабря 1796 года состоялось перенесение гроба Петра III из Александро-Невской лавры в Зимний Дворец. Вдоль всего пути были выстроены полки гвардии и армейские полки, а траурную процессию возглавил Император Павел Петрович. Всех доживших участников цареубийства 1762 года ждало возмездие: граф Алексей Орлов нёс корону, а рядом, еле передвигая ноги, плёлся обер-гофмаршал Екатерины II Фёдор Барятинский, По воле Самодержца убийцы отдавали последний долг убиенному. На просьбу дочери Барятинского Екатерины (1769–1849), в замужестве княгини Долгоруковой, пощадить её отца, Павел Петрович сказал, как отрезал: «У меня тоже был отец, сударыня».
Гроб с телом Петра III был уставлен в том же зале, где покоились останки Екатерины II. Разница была лишь в том, что гроб Императора был закрытым, и его украшала корона, гроб же Екатерины был открытым, и корона украшала голову усопшей. Постоянно шли поминальные службы и при гробах дежурили особы, имевшие штатные должности при Дворе. Вся эта траурная церемония далеко не всем пришлась по душе. Придворные Екатерины, давно забывшие и не вспоминавшие убитого Петра III, были шокированы.
Графиня В. Н. Головина в своих мемуарах в полной мере отразила впечатления недовольных; «Всё было величественно, красиво и религиозно, но гроб с прахом Петра III, стоявший рядом, возмущал душу. Это было оскорбление, которого и могила не может стерпеть; это кощунство сына в отношении матери делало горе непереносимым».
