В отреставрированном здании в 1859 году был открыт музей «Дом бояр Романовых». По замыслу основателей, музей должен был воссоздать бытовую обстановку предков русского царя.
Музей состоял и состоит до сих пор из трёх разновременных частей: боярской кладовой XVI века, монашеских келий XVII века и музейной надстройки XIX века. Но, несмотря на эту разновремённость архитектуры, здание и по своему внешнему виду, и по внутреннему устройству достаточно полно характеризует русское жилье XVII века, являясь подлинной основой для демонстрации старого русского быта. Несмотря на наличие надстройки XIX века, здание не утратило значимости исторического памятника.
Палаты сохранили тип русской избы, состоящей из «клети» (жилого помещения) и «подклета» (подсобного помещения). Построены они, как большинство русских домов XVII века, «глаголем». Постройки «глаголем» в плане напоминают букву «Г», то есть два здания поставлены под углом одно к другому.
После 1917 года музей «Дом бояр Романовых» стал называться «Музей боярского быта». С 1932 года он является филиалом Государственного исторического музея. Исторический музей и сегодня использует старинные палаты как часть своей основной экспозиции. В первую очередь для показа на подлинном музейном материале домашнего обихода и культуры бояр России второй половины XVII века.
Обстановку комнат составляют преимущественно подлинные предметы XVII века.
Самая большая комната с окнами, обращенными на улицу Варварка, представлена как боярская столовая. В этом помещении семья собиралась для обеда, здесь устраивались пиры, иногда носившие официальный характер, принимались гости.
Через площадку лестницы – проход в другую половину дома, состоящую из двух помещений. Из них первое от лестничной клетки помещение оформлено в виде сеней. Из сеней – вход в женскую комнату, светлицу. Основную обстановку интерьера светлицы составляют предметы, связанные с шитьём.
Внутренняя лестница из жилых комнат ведёт в подвал XVI века, принадлежавший некогда боярину Никите Романовичу. В подвале хранилась казна. Казна – это не только деньги, но и дорогая посуда, военная амуниция, одежда и меха. Всё то, что в далёкие времена называли рухлядью.
Многие справедливо считают, что в названии музея «Палаты в Зарядье. Дом бояр Романовых» главным и определяющим является слово «дом». И этот «дом», несмотря на все перипетии, сохранил неповторимый уют и красоту русских палат.
