Морозовские вотчины представляли собой настоящее государство в государстве. Если в 20-е годы XVII века ему принадлежал 151 крестьянский двор, то к началу 1660-х годов — уже 9100 крестьянских и бобыльских дворов в 19 уездах, то есть приблизительно 55 тысяч человек обоего пола, 45 тысяч десятин пахотной земли, 330 населенных пунктов, 85 церквей, 24 господские усадьбы плюс не подлежащие точному учету мельницы, кузницы, мастерские, металлургические и поташные заводы, пивоварни, кабаки, лавки, амбары, фруктовые сады, искусственные пруды для разведения рыбы… Всем этим обширным хозяйством управляла разветвленная вотчинная административная система, которая следила за своевременным выполнением барщинных и оброчных повинностей, чинила суд и расправу над подвластными крепостными. Виновных изощренно и жестоко пытали. Морозов предоставлял своим приказчикам почти неограниченные права, впрочем, и спрос с них был весьма строгий. Так, когда один из его приказчиков, Демид Сафонов, допустил какую-то оплошность, Морозов велел «съездить в село Бурцево и учинить ему, Демиду, наказанье, бить кнутом перед крестьяны на сходе и ему приговаривать: не дуруй и боярского не теряй».
Основная масса морозовских крестьян была занята в земледелии, однако достаточно рано Борис Иванович сумел разглядеть новые источники доходов, недоступные большинству тогдашних землевладельцев: то были промыслы и ростовщичество. Предприимчивый боярин организовал винокуренное производство и обработку металла в знаменитых нижегородских селах Лысково и Мурашкино. Морозов был, можно сказать, прогрессивным олигархом. В 30-е годы XVII века, когда иноземные промышленники развернули в России строительство различных мануфактур, а крупнейшие отечественные землевладельцы также решили от них не отставать, он основывает железоделательные заводы. Совместно со своим партнером Андреем Виниусом, голландцем, перешедшим в православие и являвшимся советником русского правительства, Морозов строит металлургический завод в Туле. Хотя эта затея и не удалась, боярин не отказался от идеи производить в России железо. В 1651 году он пригласил из-за границы мастера, который должен был организовать «рудню на мельнице» в его подмосковном селе Павловском. Несмотря на невысокое качество производимого там металла, павловские «железные заводы» продолжали работать и после смерти Морозова.
Еще одну рудню боярин основал в своем поволжском владении Лыскове, предварительно проанализировав возможную прибыльность нового завода и изучив опыт соседнего Макарьева монастыря, славившегося своей ярмаркой. В число других принадлежавших боярину производств входили полотняный «хамовный двор» в селе Старое Покровское Нижегородского уезда, где работали ткачи-поляки. Морозов также поставлял в государственную казну юфть — специально выделанную водостойкую кожу, использовавшуюся в те времена при изготовлении армейских сапог. Только в 1661 году из боярских вотчин было продано 76 пудов юфти на сумму 1156 рублей 60 алтынов.
