К 38–и годам он стал духовным директором папской Непомученской (Nepomuceno), прежней Боемской (Воешо) семинарии. Все эти обязанности не помешали ему оставаться ученым–исследователем. В июне 1955 г. он защитил докторскую диссертацию в Папском Восточном институте в Риме. Этот год отмечен началрм его университетской карьеры в качестве профессора патристического и восточного богословия в различных университетах Рима и по всему миру. Если его учитель Fr. I. Hausher заложил научные основы для изучения восточнохристианской духовности, то о. Томаш Шпидлик, человек с острой художественной восприимчивостью современной культуры, направил ее изучение в жизненно важном сегодня направлении. С этой восприимчивостью он исследовал области и достижения восточного богословия, которые, по мере их восприятия, могут и сегодня стать источником духовной жизни. В своей научной работе, охватывающей исследование, систематизацию и популяризацию, о. Томаш Шпидлик достигает удивительного эффекта: другие выносят давно похороненные древние вещи обратно на свет, но те остаются мертвыми; у о. Шпидлика же они становятся действенным средством преображения культуры во Христе в продолжающейся истории спасения. Они немедленно делаются богословской вестью, вдохновляющей и направляющей людей, сообщая им устремленность к Вечному.
Работы о. Томаша Шпидлика могут показаться длинным рядом цитат, но за потоком страниц его книг и статей красной нитью, проступает то, что восточные народы (не только славянских стран), а в последнее время и западные, чувствуют как свою насущную потребность. Он очень плодовитый автор; его многочисленные публикации обеспечили его признание в академической и международной сферах. В течение 1989–1990 академического года, после 45–и лет преподавания, он стал заслуженным (emeritus) профессором, но он и сегодня продолжает преподавать, собирая неизменно большую аудиторию.
В 1989 г. американский Библиографический институт of Releigh в Северной Каролине избрал его «Человеком года, 1990», а годом позже счел его «Наиболе замечательной личностью десятилетия (The most admired person of the decade)».
С 1991 г. о. Томаш Шпидлик живет и работает в Чентро Алетти в Риме, созданном для изучения восточнохристианской традиции в ее отношении к проблемам современного мира.
26 июля 1992 г. город Брод, место рождения Яна Амоса Коменского (1592–1670), чешского педагога и богослова, более известного под его латинским именем Комениус, удостоил о. Томаша почетного гражданства.
