Четырехстолпный, кубический, с тремя апсидами, с членением каждого фасада лопатками на три части, имевший изначально покрытие по килевидным закомарам (ныне выровненных под четырехскатной кровлей), он целиком повторяет традиционную схему зданий соборного типа московского зодчества 1-й половины XVI в. Храм поставлен на подклет; он имел галереи или гульбище с лестницами и крыльцами, ныне не сохранившимися. Этот архитектурный образ известен также по сооруженным в то же время соборам в ростовском Авраамиевом монастыре (1554) и в переяславском Федоровском (1557).
В 1672 г. на средства бояр Салтыковых интерьер Богоявленского собора был расписан, как считают некоторые специалисты, артелью костромских монументалистов во главе с Гурием Никитиным и Силой Савиным. Возможно, однако, что указанные мастера лишь прописали фресковые росписи XVI в., так как в них нет еще столь характерной для живописи конца XVII в. измельченности разработки сюжета. В 1865 г. фрески были поновлены, но и в таком виде они представляют большой исторический интерес.
На территории Богоявленского монастыря сохранилось единственное в Костроме каменное жилое здание XVII в. В 1863-64 гг. над ним был надстроен третий этаж, а с западной стороны пристроен новый корпус. Тогда же, видимо, были переделаны окна нижнего этажа, а второго — несколько расширены; наружная лестница с крыльцом разобрана, а вместо нее устроена новая, уже внутри дома. Несмотря на эти искажения, он довольно полно характеризует приемы композиции фасадов жилых домов XVII в.
Каменные жилые здания редко строились высотой более двух этажей; последующие этажи, как правило, были деревянными. Фасады членились на этажи карнизами; лопатки отвечали внутренней планировке дома, так как всегда соответствовали капитальным стенам. Одним из главных декоративных украшений фасада являлись наличники окон (илл. 51), причем они всегда имели более нарядную форму во втором этаже и менее нарядную в первом. Архитектурной отделке крыльца с лестницей, ведущей прямо с улицы во второй этаж, уделялось особое внимание — оно всегда было отделано с затейливой выдумкой.
Крепостная ограда Богоявленского монастыря, построенная в 1642-48 гг., была полностью разобрана во второй половине XIX в. От нее сохранилась лишь одна восьмигранная башня (илл. 50), которую в 1863-65 гг. перестроили в колокольню, сохранив ее древнюю часть с машикулями. Кладка нового открытого помещения для колоколов, завершенного невысоким шатром, подражает кирпичной узорочной кладке XVII в., но по выполнению более сухая и примитивная.
