М. Ходорковский вступил в открытую борьбу с президентом России. На всевозможных международных форумах он громко заявлял, что не собирается эмигрировать из России, что он будет продолжать в России свой бизнес и свою общественную деятельность, и что он больше всего озабочен сегодня строительством гражданского общества в России. Не удержался он и от одной, весьма примечательной фразы: «Я не позволю, чтобы мне диктовали, что я должен делать с моими миллиардами» [76 - «Время новостей». 1 октября 2003 г.], которую он произнес на собрании Германской экономической элиты, проходившего 29 сентября 2003 года в берлинском отеле «Адлон». Это был открытый вызов В. Путину, который в свое время решительно выступил против предложения М. Ходорковского о строительстве частных нефтепроводов. Дальнейшие события развивались молниеносно, и М. Ходорковский оказался там же, где и П. Лебедев - на нарах в Краснокаменской колонии под Читой. Однако обвинительное заключение по «делу Ходорковского» не содержало никаких политических обвинений, там фигурировали банальные уголовные преступления: хищения, как государственных средств, так и доверенных ему средств частных лиц, уклонение от уплаты налогов (физического лица и организации), мошенничество и подделка документов, злоупотребление доверием и неисполнение решений суда. В большинстве случаев указано: «в крупных размерах» или даже «в особо крупных размерах». Только общие убытки государства от неуплаты налогов исчислялись миллиардами долларов. То есть М. Ходорковскому инкриминировали целый «джентльменский набор» преступлений, которые могли и (могут) быть предъявлены любому олигарху из длинного перечня российских долларовых миллиардеров, (по оценкам журнала «Форбс», их свыше 100 человек), наживших эти миллиарды, по признанию самого В. Путина, преступным путем.
После эмоционального выступления В. Путина на совещании ведущих членов правительства 27 октября 2004 года, на котором обсуждалась ситуация, сложившаяся в стране в связи с делом «ЮКОСа», в отставку подал Александр Волошин, один из ведущих фигурантов «семьи» Б. Ельцина. А. Волошин, будучи главой Администрации президента, поддерживал дружеские связи с М. Ходорковским, но переоценил степень своего влияния на решения президента, а также серьезность и остроту конфликта. Вскоре свой пост был вынужден покинуть и М. Касьянов.
Таким образом, дело «ЮКОСа» позволило Путину выдвинуть на политическую арену самых близких к президенту людей. На пост главы президентской Администрации был назначен 38-летний юрист Дмитрий Медведев, в течение последних четырех лет работавший на посту первого заместителя А. Волошина. Еще в феврале 2000 года в серии интервью «От первого лица» президент говорил, что в политике для него существует такое понятие, как «чувство локтя». Владимир Путин назвал тогда только трех человек, при общении с которыми он испытывает «чувство локтя», - Сергея Иванова, Николая Патрушева и Диму Медведева, назначение которого на вышеуказанный пост стало для него стартом в большую политику с бурным финишем в марте 2008 года уже в должности третьего президента Российской Федерации.
