Путин распорядился создать межведомственную группу для расследования теракта под руководством директора ФСБ Патрушева, которому президент приказал немедленно вылететь в столицу Дагестана Махачкалу и лично проследить за расследованием теракта. Соболезнования в связи с терактом в Каспийске высказали российскому правительству и народу администрация президента Буша, МИДы Великобритании и Франции, Совет Европы..
На организованной вскоре в Махачкале пресс-конференции Патрушев заявил, что теракт организован чеченскими сепаратистами, что «установлена группа лиц, в которую входят более 10 человек» и «которые подчинялись напрямую полевому командиру Раппани Халилову». Уже в ночь на 10 мая пятеро «подозреваемых^) в организации теракта в Каспийске были арестованы в Санкт-Петербурге, находящемся на значительном расстоянии от Каспийска. Арестованные отрицали свою вину и причастность к теракту.
По крайней мере у троих было неопровержимое алиби. В причастность арестованных к теракту общественность не поверила.
Каспийский теракт так и остался бы в ряду обычных чеченских терактов, если бы не события, происшедшие через несколько дней. Вечером 16 мая правоохранительные органы Каспийска сообщили о предотвращении ими нового теракта. При попытке установить на одной из центральных улиц Каспийска противопехотную мину «МОН-100», аналогичную той, которая была взорвана 9 мая, были задержаны три террориста. Террористы были взяты с поличным. Кроме мины милиция обнаружила в салоне принадлежащего террористам автомобиля ВАЗ-2107 электродетонатор и пульт дистанционного управления.
Сначала все развивалось по сценарию «Рязань-99». Власти города торжественно объявили всему миру о поимке террористов и предотвращении теракта. Затем последовала заминка, аналогичная заминке в Рязани. При задержании террористы не оказали сопротивления, но заявили милиции, что та не имеет права их задерживать. По крайней мере, один из задержанных Рашид Джабраилов предъявил «документ прикрытия» -удостоверение сотрудника дагестанского МВД. Тем не менее, все трое были арестованы для установления личности.
Что произошло дальше - неизвестно, так как в интересах следствия ФСБ немедленно заблокировала всю дальнейшую информацию о запланированном и предотвращенном теракте. Одновременно в эфире ОРТ выступил директор ФСБ Патрушев и точно так же, как он сделал в сентябре 1999 г. в связи с арестами в Рязани заявил, что «задержанные не имеют никакого отношения к террористам, и теракта в Каспийске не планировалось». Слово «учения» он предусмотрительно не произнес.
