Что же касается непосредственной работы Путина на посту руководителя органов госбезопасности, то ее следует признать проваленной. В период директорства Путина в ФСБ в России было совершено свыше 40 крупных преступлений, в том числе такие, как убийство в Санкт-Петербурге Галины Старовойтовой (28 ноября 1998 г.); похищение в Грозном полномочного представителя МВД России генерала Геннадия Шпигуна (5 марта 1999 г.); взрыв на рынке во Владикавказе, более 60 человек убиты, свыше 100 ранено (19 марта 1999 г.); дважды совершались покушения на муфтия Чечни Ахмад-Хаджи Кадырова (26 октября 1998 г. и конец мая 1999 г.). Эти и многие, так называемые, «резонансные» преступления, не раскрыты по сегодняшний день.
Лишь одну операцию Путин провел успешно: по снятию со своего поста генерального прокурора России Юрия Скуратова. Почему коррумпированный генеральный прокурор России решил бороться с коррупцией в Управлении делами президента и самим Ельциным, сказать трудно. Скорее всего, он действовал под давлением Евгения Примакова, являвшегося тогда премьер-министром, крайне негативно относившимся к Ельцину, и к его окружению, часто называемому «семьей», в том числе и к управделами президента Павлу Бородину. Уж в чем точно нельзя было заподозрить ни Скуратова, ни всех следующих генпрокуроров России, это в искреннем желании бороться с коррупцией в верхних эшелонах власти, что, в общем-то, генпрокуроры обязаны делать по должности.
8 октября 1998 г. Скуратов возбудил уголовное дело по фактам коррупции в Управлении делами президента. Совместно со швейцарскими коллегами российские следователи выявили ряд злоупотреблений при подписании и осуществлении контрактов по реставрации Кремля и обновлении салона самолета президента, в том числе счета с многомиллионными вкладами на имя Павла Бородина, его дочери и зятя. Расследования Скуратова буквально пошатнули трон Ельцина. Все чаще и чаще в Думе звучало слово «импичмент».
Однако спустя шесть месяцев после начала расследования было возбуждено уголовное дело в отношении самого Скуратова, который обвинялся в поступках, несовместимых с его должностью и званием. Дело в том, что в распоряжении ФСБ в марте 1999 г. оказались видеозаписи, на которых «человек похожий на Скуратова» в абсолютно голом виде занимался любовью с двумя столь же голыми «девушками по вызову». В ночь с 1 на 2 апреля 1999 г. заместитель прокурора города Москвы возбудил в отношении Скуратова уголовное дело. Поспешность в возбуждении уголовного дела объяснялась просто -швейцарские следователи быстро продвигались в расследовании незаконной деятельности швейцарских фирм, осуществлявших работы по выполнению контрактов с Кремлем, и необходимо было как можно быстрее прекратить расследование. Сделать это можно было лишь сменив генерального прокурора, отставку которого по закону должна была утвердить верхняя палата российского парламента - Совет Федерации. Процедура была сложная и долгая.
