15 июля 1998 г. Путин был назначен вместо Сергея Шахрая главой Комиссии при президенте России по подготовке договоров о разграничении полномочий между федеральными органами государственной власти и органами государственной власти субъектов Российской Федерации. С тех пор ни один такой договор подписан не был.
Главное контрольное управление было влиятельным органом власти, и В. Путин совмещал этот пост с должностью заместителя руководителя администрации по региональной работе и члена комиссии Совета безопасности РФ по экономической безопасности.
Летом 1997 года В. Путин впервые лично познакомился с Б. Ельциным, поскольку по занимаемой должности он был обязан время от времени докладывать президенту. Б. Ельцин об этих встречах вспоминает в своих мемуарах: «Иногда Путин оставался в администрации за старшего. И тогда встречаться нам приходилось чаще. Путинские доклады были образцом ясности. Он старательно не хотел «общаться», как другие замы, то есть излагать свои концепции, воззрения на мир и на Россию; казалось, специально убирал из наших контактов какой бы то ни было личный элемент. Но именно поэтому мне и хотелось с ним поговорить! Поразила меня и молниеносная реакция Путина. Порой мои вопросы, даже самые незамысловатые, заставляли людей краснеть и мучительно подыскивать слова. Путин отвечал настолько спокойно и естественно, что было ощущение, будто этот молодой, по моим меркам, человек готов абсолютно ко всему в жизни, причем ответит на любой вызов ясно и четко. Вначале меня это даже настораживало, но потом я понял - такой характер». [44 - Ельцин Б. Н. Президентский марафон. М.: «АСТ». 2000. С. 357.]
Пользуясь все возрастающим доверием президента, В. Путин нашел подходящий момент, чтобы реабилитировать себя за самовольные действия, способствовавшие побегу А. Собчака за границу в самый неблагоприятный для него момент, когда, с одной стороны, он лежал в госпитале с обширным инфарктом, а, с другой стороны, Генеральный прокурор РФ Юрий Скуратов по «делу» Собчака направил с санкции самого Б. Ельцина в Санкт-Петербург специальную следственную бригаду во главе с генералом Леонидом Прошкиным, заместителем начальника следственного управления. Многие «демократы», в частности, А. Чубайс, Б. Немцов и В. Юмашев обращались в начале ноября 1997 года к Б. Ельцину с просьбой о защите А. Собчака от уголовного преследования. В. Путин не стал обращаться к президенту, а 3 или 4 ноября тайно приехал в Санкт-Петербург и, пользуясь своими связями в Ленинградском Управлении ФСБ, организовал фактически похищение А. Собчака из клиники профессора Юрия Шевченко - главного кардиохирурга Санкт-Петербурга, будущего Министра здравоохранения РФ. «Тяжелобольного А. Собчака вынесли на носилках во внутренний двор клиники, поместили в машину «скорой помощи» и выехали в аэропорт Пулково, где его ждал финский самолет, специально оборудованный для перевозки таких больных. Аренда этого самолета у частной финской медицинской компании обошлась анонимному нанимателю в 30 тысяч долларов». [45 -Рой Медведев. Владимир Путин. М.: «Молодая гвардия». 2008. С. 82.]
