В Управлении догадывались о лояльности Путина другим людям и структурам, и о намерении Путина сменить Бородина. Ошибки Собчака Бородин повторять не собирался. Путина не пустили даже в основной офис Управления в Никитском переулке. Кабинет Путина находился на Варварке. Правда, на три дня Путин все-таки оказался в кресле Бородина. Ельцин, по совету дочери, взял да и уволил Бородина. Но через три дня Ельцина уговорили Бородина восстановить. Увольнение этого никто, кроме Бородина, не заметил. Но Бородин о нем помнил и вскоре после восстановления в должности попросил Путина от него забрать. Мстительный Путин Бородину тоже отплатил: как только Путин стал исполнять обязанности президента, он снял Бородина с должности и назначил его секретарем Российско-Белорусского союза - главой бессмысленной структуры.
Как принято в российской бюрократической машине, Путина перевели с повышением. В марте 1997 г. Чубайс стал первым заместителем премьер-министра (место руководителя Администрации президента занял будущий зять Ельцина Валентин Юмашев). Поддерживающие Путина Чубайс и Юмашев быстро сумели провести через президента новое назначение Путина. 25 марта 1997 г. Путин стал заместителем руководителя администрации президента и начальником Главного контрольного управления (ГКУ). На этом посту он сменил другого представителя петербургской команды - Чубайса, бывшего заместителя Собчака и старого знакомого Путина - Алексея Кудрина, назначенного заместителем министра финансов. Собственно, именно Кудрин рекомендовал назначить вместо себя Путина, и так как Путина поддерживали еще и Чубайс с Юмашевым, назначение на высокую должность прошло без осложнений. В числе причин, по которым Юмашев одобрил кандидатуру Путина, называют преданность, продемонстрированную Путиным по отношению к своему бывшему начальнику - Собчаку, и отсутствие у Путина излишней политизированности.
Из тесного офиса на Варварке Путин перебрался на Старую Площадь, в роскошный кабинет, который некогда принадлежал председателю Комитета партийного контроля при ЦК КПСС, члену Политбюро ЦК Арвиду Пельше. Рассказывая о планах на новой должности, Путин сообщил о планируемых им проверках различных государственных структур, естественных монополий, вооруженных сил и военно-промышленного комплекса. Он рассчитывал выявить в этих структурах злоупотребления и, таким образом, улучшить ситуацию с государственным бюджетом. Путин подчеркнул, что деятельность ГКУ носит консультативный характер и сведения о выявленных правонарушениях будут передаваться в Генеральную прокуратуру, а сами проверки должны будут осуществляться в сотрудничестве с Генпрокуратурой и другими правоохранительными органами. Основным направлением работы ГКУ под руководством Путина была борьба с нецелевым использованием бюджетных средств в регионах страны и в федеральном центре. Первым документом, подписанным Путиным на посту руководителя ГКУ, было распоряжение о начале проверки именно в этой области.
