Все эти уникальные качества Оригена не могли не отразиться на его преподавательском методе. В своей преподавательской деятельности Ориген ставил на первое место толкование Священного Писания и изучение христианских догматов. Однако, прежде чем переходить к чтению и толкованию Библии, он предлагал слушателям подготовительный курс, включавший в себя диалектику, физику, математику, астрономию и геометрию; затем изучались философия и богословие. В этом Ориген следовал своим предшественникам на посту ректора Александрийского училища. Уважение к античной учености царило в Александрийском училище еще со времени Пантена и Климента, и Ориген стремился поддерживать этот дух. Когда по причине увеличения числа слушателей Ориген перестал справляться с объемом преподавательской работы, он поручил ведение подготовительного курса своему ученику Ираклу, впоследствии епископу Александрийскому, а сам сосредоточился на преподавании богословия и Священного Писания.
После того, как Ориген был вынужден покинуть Александрию, он перебрался в Кесарию Палестинскую, где основал школу по образцу Александрийского огласительного училища. Курс обучения в Кесарии был примерно таким же, как и в Александрии. До нас дошло уникальное свидетельство священномученика Григория Неокесарийского, проучившегося у Оригена в течение пяти лет и в своем «Похвальном слове Оригену» рассказавшего о том, как проходило его богословское и духовное формирование под руководством великого александрийского дидаскала.
Вот что говорит святой Григорий о курсе наук, преподававшихся в Кесарийском училище Оригеном:
Он стремился возбудить и развить не только эту [высшую] сторону моей души, правильная постановка которой принадлежит одной только диалектике, но также и низшую часть души: я был изумлен величием и чудесами, а также разнообразным и премудрым устройством мира, и я дивился, хотя и без разумения, и совершенно поражен был глубоким благоговением, но, подобно неразумным животным, не умел ничего объяснить; так он возбуждал и развивал во мне эту способность другими отраслями знаний, именно посредством естественных наук он объяснил и исследовал каждый предмет в отдельности... до тех пор, пока... не вложил в наши души вместо неразумного разумное удивление священным устройством вселенной и безукоризненным устройством природы. Этому возвышенному и божественному знанию научает возлюбленнейшая для всех физиология. Что же я должен сказать о священных науках — всем любезной и бесспорной геометрии и парящей в высотах астрономии?.. Он через обе эти названные науки, как бы посредством лестницы, возвышающейся до небес, делал для меня доступным небо
